辽宁沈阳株猫泛白细胞减少症病毒VP2基因扩增及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘琪

作者： 刘琪;刘正伟;梁琳;张利;郝春晖;李玥;赵福庆

作者机构：

关键词： 猫泛白细胞减少症病毒;VP2基因;生物信息学;蛋白结构

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN：

年卷期： 2024 年 001 期

页码： 23-32

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]通过生物信息学方法分析1株2022年辽宁沈阳地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus, FPV)LN3株VP2蛋白的分子特征.[方法]利用FPV胶体金试纸条对临床上表现呕吐、腹泻等症状的患病猫粪便进行检测,提取该病猫粪便的病毒DNA进行FPV VP2基因PCR扩增及测序,使用Seqman软件对序列进行拼接.将所获序列与NCBI数据库中FPV和犬细小病毒(Canine parvovirus, CPV)的VP2基因进行相似性比对及遗传进化分析.使用生物信息学软件对该毒株VP2蛋白进行预测,包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构等.[结果]FPV LN3株VP2基因全长1 755 bp,编码584个氨基酸;与GenBank上登录的15株FPV同属一个大分支,相似性为98.9%~99.7%;与CPV处于不同分支上.生物信息学软件预测显示,FPV LN3株VP2蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;含有7个潜在N-糖基化位点、86个O-糖基化位点和50个磷酸化位点;VP2蛋白在细胞质、细胞核、线粒体中的可能性分别为43.5%、34.8%和21.7%;VP2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、延伸链、β-转角分别占61.82%、8.90%、24.32%及4.97%,三级结构预测结果与其一致;VP2蛋白共有20个抗原表位.[结论]VP2是FPV遗传变异的关键基因,FPV LN3株VP2蛋白属于亲水性、非跨膜稳定蛋白,共存在20个抗原表位.试验结果为进一步研究FPV VP2蛋白功能及研发新型疫苗提供理论依据.

分类号： S852.659.2

  • 相关文献

[1]猫泛白细胞减少症病毒VP2基因快速检测方法的建立与应用. 邱杰,温肖会,翟少伦,吕殿红,宁章勇,魏文康. 2015

[2]FPLV、CPV、MEV非结构蛋白NS1和结构蛋白VP2遗传特征分析. 杨莘,王建科,易立,许红丽,程世鹏,武华. 2011

[3]山羊紧密连接相关蛋白ZO-1序列的生物信息学分析. 王梦雅,赵学亮,徐明,李洋,宋利文,高峰,胡红莲,高民. 2018

[4]牛GDF8基因编码蛋白结构和功能预测. 赵拴平,金海,徐磊,贾玉堂. 2023

[5]抗猫泛白细胞减少症病毒单克隆抗体的制备及其生物学特性鉴定. 钱建飞,陈溥言,蔡宝祥,张振兴,凌雯,李银. 2000

[6]猫泛白细胞减少症病毒的分离鉴定及其结构蛋白VP2可溶性表达的调控. 刘丽春,徐国伟,茹毅,李亚军,杨明星,梁超,刘晓飞,张世栋,李建喜,王学智,孙研,周雨霞. 2023

[7]一株猫泛白细胞减少症病毒的分离鉴定及其VP2和NS1基因的变异分析. 刘琪,史利军,梁琳,张玲玲,袁维峰,梁瑞英,李金祥,崔尚金. 2019

[8]F81细胞无血清悬浮驯化后培养猫泛白细胞减少症病毒的研究. 张久鑫,邵宝顺,朱辉,贾浩苒,梁琳,汤新明,崔尚金,梁瑞英,王龙涛. 2023

[9]猫泛白细胞减少症病毒XJI-05株的分离及鉴定. 苏洁,姜骞,李慕瑶,王静,刘家森,司昌德,刘倪虹,曲连东. 2008

[10]猫泛白细胞减少症病毒FPLV/XJ-1的分离鉴定. 苏洁,姜骞,李慕瑶,王静,刘家森,司昌德,刘倪虹,曲连东. 2007

[11]猫泛白细胞减少症病毒研究进展. 刘昱欣,李卓宸,吕爽,吕文雪,赵传芳. 2023

[12]猫鼻气管炎病毒、杯状病毒、泛白细胞减少症病毒的分离及其形态学观察. 李六金,李成,姜焕宏,吴钟灵,胡淑贤,师长宏,张志培,李学忠,刘晓荣. 2001

[13]柞蚕腺苷酸转移酶基因的克隆与序列分析. 李玉萍,王欢,武松,夏润玺,刘彦群,秦利,李喜升,姜德富. 2009

[14]剂量率对辐照牛血清蛋白生化特性和结构的影响. 耿胜荣,鉏晓艳,李新,白婵,李海蓝,叶丽秀,廖涛. 2017

[15]垂穗披碱草MADS-box基因WM8克隆及分析. 张妙青,张吉宇,刘志鹏,王彦荣,张磊. 2012

[16]秘鲁鱿鱼肌原纤维蛋白凝胶的构效关系研究. 林伟伟,励建荣,潘伟春,傅玉颖,李昂. 2017

[17]昆虫嗅觉相关可溶性蛋白的研究进展. 张玉,杨斌,王桂荣. 2019

[18]中国部分地区对虾白斑综合征病毒胶原蛋白基因缺失变异分析. 秦梦雪,刘庆慧,万晓媛,黄捷. 2017

[19]环糊精水解酶cds1-3底物通道氨基酸的定点突变研究. 汤宏赤,莫莉,闭海,林丽华,郭媛,庞浩. 2019

[20]改性处理对猪肌原纤维蛋白结构及凝胶特性的影响. 姜国川,王丽岩,刘亚春,孙洪蕊,张佳霖,刘学军,闫晓慧. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序