辽宁沈阳株猫泛白细胞减少症病毒VP2基因扩增及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘琪

作者： 刘琪;刘正伟;梁琳;张利;郝春晖;李玥;赵福庆

作者机构：

关键词： 猫泛白细胞减少症病毒;VP2基因;生物信息学;蛋白结构

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN：

年卷期： 2024 年 001 期

页码： 23-32

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]通过生物信息学方法分析1株2022年辽宁沈阳地区猫泛白细胞减少症病毒(Feline panleukopenia virus, FPV)LN3株VP2蛋白的分子特征.[方法]利用FPV胶体金试纸条对临床上表现呕吐、腹泻等症状的患病猫粪便进行检测,提取该病猫粪便的病毒DNA进行FPV VP2基因PCR扩增及测序,使用Seqman软件对序列进行拼接.将所获序列与NCBI数据库中FPV和犬细小病毒(Canine parvovirus, CPV)的VP2基因进行相似性比对及遗传进化分析.使用生物信息学软件对该毒株VP2蛋白进行预测,包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、糖基化位点、亚细胞定位、二级结构、三级结构等.[结果]FPV LN3株VP2基因全长1 755 bp,编码584个氨基酸;与GenBank上登录的15株FPV同属一个大分支,相似性为98.9%~99.7%;与CPV处于不同分支上.生物信息学软件预测显示,FPV LN3株VP2蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;含有7个潜在N-糖基化位点、86个O-糖基化位点和50个磷酸化位点;VP2蛋白在细胞质、细胞核、线粒体中的可能性分别为43.5%、34.8%和21.7%;VP2蛋白二级结构中无规则卷曲、α-螺旋、延伸链、β-转角分别占61.82%、8.90%、24.32%及4.97%,三级结构预测结果与其一致;VP2蛋白共有20个抗原表位.[结论]VP2是FPV遗传变异的关键基因,FPV LN3株VP2蛋白属于亲水性、非跨膜稳定蛋白,共存在20个抗原表位.试验结果为进一步研究FPV VP2蛋白功能及研发新型疫苗提供理论依据.

分类号： S852.659.2

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