利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郑乾明

作者： 郑乾明;王壮;彭志军;马玉华;蔡永强

作者机构：

关键词： 仙人掌科;基因组;核苷酸;序列一致性

期刊名称： 植物病理学报

ISSN： 0412-0914

年卷期： 2017 年 47 卷 03 期

页码： 364-369

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-NTU(JF937699),其含有的reads占所有病毒reads数量的85.18%;10条contig注释为ZyVX(AY366208),占所有病毒reads数量的4.97%;6条contig注释为SchVX(AY366207),占所有病毒reads数量的3.75%;6条contig注释为CVX(AF308158),占所有病毒reads数量的0.26%。拼接获得的CVX-NTU序列完全覆盖CVX-NTU(JF937699)基因组,核苷酸序列一致性为97%。编码的5个ORF核苷酸序列与CVX-NTU(JF937699)一致性为97%~98%,氨基酸序列一致性为97%~99%。拼接获得的CVX-NTU序列与CVX、ZyVX和SchVX的核苷酸序列一致性分别为78%、75%和70%。这是首次利用高通量测序检测火龙果病毒的报道。

分类号： S436.67`S432.41

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