野生二倍体草莓的SSR分子标记开发及核心种质的构建

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张咏琦

作者： 张咏琦;王超;许林林;吴娥娇;李天红;赵密珍;袁华招

作者机构：

关键词： 草莓;二倍体种;SSR;多态性分析;核心种质

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2023 年 50 卷 011 期

页码： 2365-2375

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 用MISA程序搜索森林草莓(Fragaria vesca L.)基因组获得106 829个SSR位点,比对森林草莓等8种二倍体草莓的基因组获得唯一且共同的SSR序列5 778个,其中单、二、三、四、五、六核苷酸类型以及复杂重复类型分别为3 461、1 223、999、57、7、5、26.在26个复杂重复类型中,有18个SSR位点在森林草莓、中国草莓(F.chinensis Lozinsk)、东北草莓(F mandshurica Staudt)、黄毛草莓(F.nilgerrensis Schlecht.)、西藏草莓(F.nubicola Lindl.)、峨眉草莓(F.emeiensis Jia J.Lei)、五叶草莓(F.pentaphylla Lozinsk)和绿色草莓(F.viridis Duch.)等8个二倍体种的176份资源重测序数据中具有较高的覆盖度,通过检测获得了 444个等位基因,平均有效等位基因数为7.899,Shannon信息指数在0.836~3.362之间,观察杂合度在0.006~0.477之间,期望杂合度在0.324~0.953之间,多态信息含量(PIC)介于0.315~0.951,平均值为0.756;利用选择的18对SSR标记构建野生二倍体草莓的核心种质,并利用t检验对核心种质进行评价,筛选出的43份材料保存了 80%以上的遗传多样性,代表性较高,确定为野生二倍体草莓的核心种质.同时构建了每份材料的分子身份证并生成二维码.本研究中开发的多态性SSR位点以及筛选出的核心种质能够为今后野生草莓物种的鉴别、分子标记辅助育种等提供工具.

分类号： S668.4

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