拟南芥蛋白质丰度与基因翻译效率关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王曦光

作者： 王曦光;王娟;张琳

作者机构：

关键词： 蛋白质丰度;基因表达;CAI;ITE;翻译延伸效率;相关分析;拟南芥

期刊名称： 中国生物工程杂志

ISSN： 1671-8135

年卷期： 2017 年 37 卷 02 期

页码： 40-47

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 蛋白质的合成是一个复杂的过程,其中蛋白质丰度是衡量基因表达的一个最终指标,在生物体生命活动中具有重要作用的蛋白质通常都为高丰度蛋白质。通过对PaxDB网站拟南芥各组织器官蛋白质丰度的统计,并采用DAMBE和CodonW计算其对应基因的I_(TE)和CAI值,最后用R语言分析蛋白质丰度与I_(TE)的关系,并采用对数值替代原有的丰度值。结果表明,所使用的I_(TE)较原有CAI的分析方法更有效,在拟南芥的基因中高表达基因在不同的组织中有相似的表达水平,拟南芥蛋白质丰度与I_(TE)有很好的相关性,并且I_(TE)值能更好地拟合拟南芥蛋白质丰度值的变化。

分类号： Q943.2

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