兔病毒性出血症病毒基因组3′端非编码区的分子克隆及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘光清

作者： 刘光清;张玉颖;云涛;倪征;张淼涛;梁华丽;华炯刚;李双茂;杜青云;盛祖恬

作者机构：

关键词： 兔病毒性出血症病毒;3′端非编码区;poly(A);二级结构;生物信息学

期刊名称： 西北农林科技大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-9387

年卷期： 2006 年 34 卷 03 期

页码： 16-20+25

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用3′RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX／CHA／97株基因组3′端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用ONAstar和DNAman软件分析了RHDV JX／CHA／97株与各参比毒株3′NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3′NCR的二级结构进行了预测和分析。结果表明,所扩增的目的基因片段长1500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3′端非编码区(3′Non Coding Region,3′NCR)和poly(A)尾巴,其中 3′NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3′NCR序列具有较高的同源性 (93．5％-100％);3′NCR二级结构可以形成2个潜在的茎-环结构(SL1和SL2),其中SL2具有一定的保守性,其形状和形成位置与poly(A)尾巴的长度关系不大,但是SL1的结构和形成位置与poly(A)尾巴的存在与否密切相关,提示poly(A)尾巴与3′NCR高级结构的稳定性以及基因组复制有一定关系。

分类号： S852.65

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