2016-2021年广西H9亚型禽流感病毒HA和NA基因遗传进化动态分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 龙凤

作者： 龙凤;谢守玉;崔鹏飞;施开创;韦显凯;冯淑萍;屈素洁;陆文俊;李剑锋;尹彦文;邓国华

作者机构：

关键词： H9亚型禽流感病毒;遗传变异;进化动态

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2023 年 005 期

页码： 1947-1958

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】研究H9亚型禽流感病毒（Avian influenza virus, AIV）广西毒株的遗传进化动态，以期掌握其地域流行新特点，为及时优化调整有效防控措施提供数据支持。【方法】采集2016-2021年广西各地的家禽喉头、泄殖腔及环境拭子样品3 600份，接种9～11日龄SPF鸡胚分离病毒，并结合血凝和血凝抑制试验及实时荧光定量RT-PCR方法鉴定AIV亚型，根据毒株检测年限和来源地选取部分H9亚型AIV核酸阳性样品进行HA、NA基因扩增、测序及进化动态分析。【结果】共获得46株H9亚型AIV广西毒株的HA、NA基因序列，其中HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸；4株NA基因全长1 410 bp,编码469个氨基酸，42株缺失3个氨基酸，编码466个氨基酸。BLAST分析结果显示，越南及国内多个省份的毒株与本研究获得的广西毒株HA、NA基因相似性最高，分别为97.62%～99.88%和93.13%～99.79%,宿主源也不尽相同，表现遗传多样性特征。广西毒株之间HA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为93.0%～99.1%和94.6%～99.1%,NA基因核苷酸和氨基酸序列相似性分别为83.9%～98.2%和86.1%～98.2%,表明HA基因较NA基因更为保守；与同期的参考毒株相似性高于早期，表明毒株存在持续进化。遗传进化分析结果显示，广西毒株的HA、NA基因属于当前优势流行的G57基因型分支，与疫苗株遗传关系较远。进化速率估算结果显示，HA、NA基因的平均进化速率分别为3.99×10-3和4.59×10-3替换/位点/年，最近共同祖先估算时间（tMRCA）分别为66.77和58.24年，表明HA基因比NA基因进化缓慢。重组分析结果显示，从鸡、鸭及环境中各分离到的毒株HA基因存在重组现象，主要亲本和次要亲本毒株均为人源的A/Beijing/1/2017株和禽源的A/quail/Hainan/250/2012株。【结论】当前H9亚型AIV广西流行毒株HA、NA基因与越南及国内省份的毒株相似性较高，具有遗传多样性特征，进化趋势以G57为优势基因型，与人源流感毒株发生基因重组，为新型流感产生创造条件。

分类号： S852.65

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