紫苏SNP分子标记开发及遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姜涛

作者： 姜涛;刘灵娣;田伟;谢晓亮;温春秀

作者机构：

关键词： 紫苏（Perilla frutescens （L.））;SNP;SLAF-seq技术;分子标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 1243-1249

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 紫苏（Perilla frutescens （L.））是一种药食兼用型的植物,具有丰富的营养价值和药用价值,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术（specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq）对30份紫苏种质资源进行了分子标记开发,以‘日本晴’（水稻）为对照,测序获得紫苏全基因组范围内的SNP分子标记。通过测序共获得106.92 Mb Reads数据,各样本Reads数据在1 742 153～9 815 872之间,样本平均测序质量值Q30为95.91%;平均GC含量为39.16%。通过生物信息学分析,本研究获得406 599个SLAF标签,样本的平均测序深度为19.13倍,其中多态性的SLAF标签共有140 387个,共得到419 223个群体SNP标记。利用开发的SNP分子标记将30份紫苏种质资源分为2组,紫苏SNP分子标记的研究可为紫苏的遗传图谱构建、种质资源鉴定以及农艺性状的关联分析提供理论基础。

分类号： S567.219

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