基于SNP分子标记分析国内地方晒晾烟遗传多样性

文献类型： 中文期刊

第一作者： 万菊芬

作者： 万菊芬;徐腾航;曹领改;张吉顺;刘杰;张洁;王仁刚;任民;杨志晓;余世洲

作者机构：

关键词： 晒晾烟;亲缘关系;遗传多样性;遗传结构;SNP标记

期刊名称： 中国烟草学报

ISSN： 1004-5708

年卷期： 2025 年 31 卷 005 期

页码： 60-70

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】探究国内地方晒晾烟品种之间的亲缘关系及遗传多样性，促进烟草种质的创新和高效利用。【方法】利用烟草20K SNP芯片（Ta-LD-SC）对118份国内晒晾烟种质，7份国外晒烟种质和10份代表性烤烟品种进行基因分型，并通过Plink、Admixture、Genodiv等软件开展群体结构和遗传多样性分析。【结果】筛选出的15806个高质量多态性SNP位点覆盖烟草基因组约90%区域，且分布相对均匀，各SNP位点的多态性信息含量（PIC）平均值为0.285，变幅为0.022～0.375，平均最小等位基因频率（MAF）为0.257。依据群体结构、进化树和主成分分析，135份供试烟草材料可分为5个亚群（G1～G5），其中G1～G3为国内地方晒晾烟，G4主要为美国选育晒烟品种，G5全部为烤烟品种。各种质间平均状态同源系数（IBS）为0.643，所有种质整体有效等位基因数目（Ne）为1.294，观察杂合度（Ho）为0.005，亚群内杂合度（Hs）为0.238，近交系数（Gis）为0.977，遗传多样性指数（Diu）为0.922，校正香农指数（Shu）为1.28。各亚群间Nei's遗传距离（Nei's D）范围为0.062～1.253，其中G1～G3亚群间遗传距离均小于0.18，但这3个亚群与G4、G5亚群的遗传距离都大于0.30，特别是G1与G5的遗传距离为1.253。【结论】国内晾晒烟（G1～G3）与美国选育晒烟材料（G4）及当前代表主栽烤烟品种及其骨干亲本（G5）比较，具有相对较大的遗传多样性，但因地理分离原因，在遗传基础上出现了明显分化，后期可在G1亚群中选择优良代表性种质作为烟草育种的亲本材料，以拓宽我国主栽烤烟品种的遗传背景及保护濒危的晒晾烟种质基因资源。

分类号： S572

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