梨EST-SSR标记的开发及其在梨品种遗传多样性分析中的应用评价

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王西成

作者： 王西成;姜淑苓;上官凌飞;曹玉芬;乔玉山;章镇;房经贵

作者机构：

关键词： 梨;EST;SSR;遗传多样性

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2010 年 43 卷 24 期

页码： 5079-5087

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析梨EST中SSR位点分布规律,开发梨EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于梨品种遗传差异研究的可行性。【方法】从NCBI公共数据库中下载梨表达序列标签(expressed sequence tag,EST)1293条,利用MISA软件对其进行SSR位点查找,将符合条件的序列选出,利用Primer3.0Plus软件设计48对引物,通过非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增特点,并对部分扩增产物克隆与测序,以验证其真实性。【结果】1293条梨的EST序列中含有SSR位点的序列为82条,SSR位点92个。二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占48.91%、17.39%和17.39%。48对引物中有31对引物能扩增出理想的PCR产物,其中27对引物扩增条带具有多态性。同时发现11对引物中,有83.87%的片段具有相应的SSR位点。聚类结果表明,梨被明显地区分成东方梨和西方梨两大群,分类效果明显。【结论】梨EST-SSR标记开发效率较高,是梨SSR标记开发的重要措施,对于梨品种的鉴定与遗传多样性分析具有重要应用价值。

分类号： S661.2

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