甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 霍恺森

作者： 霍恺森;赵冬兰;陈艳丽;周志林;王珧;唐君;朱国鹏;曹清河

作者机构：

关键词： 马鞍藤;流式细胞术;基因组测序;GC含量;杂合度;重复序列

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2019 年 003 期

页码：

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 马鞍藤(Ipomoea pes-caprae(L.)R. Br.)是甘薯的近缘野生种之一,为热带、亚热带海滩生长的多年生藤蔓植物,作为沿海地区的园林绿化植物之一,具有较强的耐盐性.马鞍藤基因组学的研究可为耐盐甘薯种质创制提供信息参考.本试验调查了马鞍藤基因组大小和特征概况,为后续全基因组精细图谱绘制打下基础.研究以已知基因组大小的三裂叶薯(Ipomoea triloba L.)为对照,运用流式细胞术对马鞍藤基因组大小进行初步预估;使用二代高通量测序技术(Illumina Hiseq2500)对马鞍藤基因组进行survey评估,测序深度30*,利用生物信息学方法估算马鞍藤GC含量(即鸟嘌呤和胞嘧啶所占比例)、杂合率、重复序列等基因组概况.结果表明:流式细胞术估算马鞍藤基因组大小为1012.704±17.37 Mb;经全基因组Survey测定获得马鞍藤有效数据为21.71 Gb,基因组大小经修正后估算为1041.65 Mbp;通过K-mer分布曲线估算马鞍藤基因组中重复序列所占比率为74.52%,杂合率为0.99%;经初步组装后,GC平均深度及含量分布存在异常,出现分层的现象,这可能与马鞍藤基因组杂合率较高有关.本试验首次报导甘薯属耐盐植物马鞍藤基因组大小及特征信息,为马鞍藤进一步的全基因组深度测序和甘薯耐盐基因挖掘打下基础.

分类号： S531

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