两个甘薯野生近缘种的比较基因组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 肖世卓

作者： 肖世卓;许攀;王珧;戴习彬;周志林;曹清河

作者机构：

关键词： 甘薯;野生近缘种;比较基因组学

期刊名称： 植物遗传资源学报

ISSN： 1672-1810

年卷期： 2025 年 26 卷 006 期

页码： 1080-1090

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 甘薯是重要的农作物，其野生近缘种数量庞大，蕴含着丰富的基因变异。本研究利用公开发表的、基因组组装质量较高的两个甘薯野生种进行了比较基因组分析。发掘了覆盖全基因组的1798184个SNP，同时还发掘了2076个易位和84个倒位，倒位中包含2106个基因，富集分析显示这些基因主要富集于次级代谢产物的生物合成等通路。其中34段倒位的断点位于基因内部，可能影响到基因的结构。两个基因组之间存在10226个插入型和11411个缺失型的结构变异，对这些结构变异进行了注释，并对可能影响基因功能或表达的结构变异进行了基因富集分析，结果发现这些可能受影响的基因主要富集于次级代谢产物通路，DNA修复和复制等相关功能的基因也出现了富集。通过统计两个野生种和其他近缘种共线性基因对的同义替换率（Ks）和四倍简并位点颠换率（4DTv），说明番薯属植物的共同祖先在发生了全基因组三倍化事件之后才分化成不同的种。以上研究将为甘薯野生近缘种优异变异的发掘和物种分化研究提供有力支撑。

分类号： S531

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