葡萄霜霉菌糖基水解酶基因家族的生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘露露

作者： 刘露露;曲俊杰;潘凤英;孙大运;郭泽西;尹玲

作者机构：

关键词： 葡萄霜霉菌;糖基水解酶;分泌蛋白;生物信息学

期刊名称： 南方农业学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 005 期

页码： 1229-1237

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】分析预测葡萄霜霉菌糖基水解酶（Glycoside hydrolases,GHs）基因家族,为深入研究GHs基因在葡萄霜霉菌致病过程中的作用机理提供理论依据。【方法】利用SignalP 5.0 Server、Cluster W、MEGA 6.0和MEME等生物信息学相关软件对已发表的葡萄霜霉菌全基因组60个GHs基因的基本特征、基因组分布特点及其编码蛋白保守基序、结构域和亚细胞定位等进行生物信息学分析。【结果】葡萄霜霉菌60个GHs基因编码的蛋白长度在128～774 aa,且大部分集中在200～500 aa,其中53个蛋白具有信号肽,蛋白质分子量在14.90～85.45 kD,理论等电点（pI）在3.85～10.39;这些基因在基因组中分布不均匀,其中有27个GHs基因存在串联重复和成簇聚集分布现象,数目最多的3个GHs家族（GH131、GH17和GH6）集中分布在7个scaffold中;序列比对和系统发育进化树分析发现,串联重复和成簇聚集分布的GHs基因处于同一个分支中;motif富集分析发现3个不同的motif,且motif2在葡萄霜霉菌GH6、GH17和GH131等3个家族基因中保守,结构域分析推测大部分GHs家族基因均参与细胞壁的生物过程;亚细胞定位预测结果表明,有53个GHs蛋白定位于细胞外,3个定位在细胞质内,4个定位于线粒体上。【结论】葡萄霜霉菌在侵染寄主的过程中可能会分泌多种GHs酶类来破坏细胞壁的结构,以帮助其在寄主植物中成功定殖。

分类号： S436.631.1

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