基于人参果转录组测序的SSR和SNP特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈姝欣

作者： 陈姝欣;朱浩东;杨梦思;陶连德;钟启文;杨世鹏

作者机构：

关键词： 人参果;SSR;SNP;转录组

期刊名称： 西南农业学报

ISSN： 1001-4829

年卷期： 2020 年 33 卷 011 期

页码： 2412-2416

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]对人参果转录组测序产生的SSR以及SNP进行分析.[方法]提取总RNA,利用MISA(MicroSatellite,鉴定微卫星序列的软件)软件对人参果转录组经过拼接获得的68 891条Unigene进行SSR位点发掘,利用Illumina Hiseq 2500测序平台进行转录组测序,通过MISA及GATK对转录本中的SSR和SNP信息进行分析.[结果]在本研究中,利用高通量测序平台对人参果进行测序,获得68 891条Unigene.研究发现,有15 846个Unigene在人参果转录组中被搜索到是有SSR位点的,这些SSR位点总个数为5282,出现频率为7.18 %,约6148 bp就会有1个SSR位点被搜索到,且以单核苷酸、三核苷酸的重复为主,这2种重复分别占总重复类型的58.78 %,23.93 %.A/T和AG/CT这2种基元的出现频率最高,是人参果SSR的优势基元.最多的重复基元数量集中在6~10次,且长度基本小于15 bp.对68 891条序列进行SNP位点搜索后,成功搜索到315 132个SNP位点,SNP的分布密度为1/103 bp,即平均约103 bp就会出现1个SNP位点.其中转换类型有192 575个,颠换类型有120 621个.A/G所占的比率最高,占总量的36.01 %,C/T占19.24 %,位居其次.比例较高的A/G和C/T均属于转换类型,而剩下的4种颠换类型所占比例均低于15 %.转换类型占61.10 %,显著大于颠换类型的38.27 %.[结论]人参果的SNP变异类型以转换类型为主,转录组SSR位点的分布频率不够高,但种类较多且多态性也十分丰富,能为之后针对人参果展开的一系列研究提供坚实的基础.

分类号： S461.9

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