基于D-loop序列和微卫星标记的4个黄颡鱼群体的遗传变异分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李兵部

作者： 李兵部;傅建军;陶易凡;强俊;徐跑

作者机构：

关键词： 黄颡鱼;微卫星标记;D-loop序列;遗传多样性;群体结构

期刊名称： 黑龙江畜牧兽医

ISSN：

年卷期： 2024 年 004 期

页码： 115-127

收录情况： 北大核心

摘要： 为探究广东珠江、广西漓江、四川金沙江和云南西江4个水系黄颡鱼（Pelteobagrus fulvidraco）群体的遗传变异情况，本研究分别基于上述水系共108尾黄颡鱼的线粒体D-loop序列和12个微卫星标记对4个黄颡鱼群体进行群体内遗传多样性、群体间遗传距离和变异及群体结构分析。结果表明：共得到105个D-loop序列，其核苷酸组成中A+T含量占比为56.22%,G+C含量占比为43.78%。在105个有效序列中，多态位点数为746个（含缺和无效多态位点）,单倍型数为51个。Hap2、Hap25、Hap15分别是广东珠江、广西漓江、四川金沙江群体的优势单倍型。4个黄颡鱼群体的单倍型多样性（Hd）介于0.842～0.940,核苷酸多样性（π）介于0.002～0.083;四川金沙江群体Hd的最低，π也处于较低水平；而云南西江群体的Hd和π均最高；4个群体的Tajima′s D值均小于0。等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）均为广西漓江群体最高，广东珠江群体次之，云南西江群体较低，四川金沙江群体最低。4个黄颡鱼群体的K2P遗传距离介于0.008～0.115之间，其中广西漓江与云南西江群体间的K2P遗传距离最近；广东珠江群体与其他3个群体的K2P遗传距离较远，与四川金沙江群体的K2P遗传距离最远。4个黄颡鱼群体间均存在极显著的遗传分化（P＜0.01）,群体间遗传分化指数(Fst)介于0.114～0.959之间。4个黄颡鱼群体间Nei’s遗传距离和遗传一致性分别介于0.117～1.114之间和0.328～0.890之间，其中，广西漓江群体与云南西江群体的Nei’s遗传距离最近、遗传一致性最高，广东珠江与四川金沙江群体的Nei’s遗传距离最远、遗传一致性最低。在UPGMA系统聚类树中，4个黄颡鱼群体主要分为两支，其中广西漓江群体、云南西江群体最先聚为一支，然后与四川金沙江群体聚为一支，最后与广东珠江群体聚类。在NJ聚类树中，4个群体黄颡鱼的明显分为4个分支，广西漓江群体与云南西江群体呈镶嵌式分布。4个黄颡鱼群体中共享单倍型较少，但特有单倍型较多，其中云南西江和广西漓江群体相邻较近且共有单倍型较多。在基于Nei’s遗传距离进行的主坐标分析中，广西漓江群体和云南西江群体的个体之间遗传差异较小，广东珠江和四川金沙江群体的个体之间遗传差异较大。说明四川金沙江群体遗传多样性水平较低，云南西江群体遗传多样性水平较高，广西漓江群体与云南西江群体存在一定的基因交流。

分类号： S917.4

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