番木瓜成熟过程中全基因组DNA甲基化和转录组变化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周陈平

作者： 周陈平;杨敏;郭金菊;邝瑞彬;杨护;黄炳雄;魏岳荣

作者机构：

关键词： 番木瓜;果实;成熟;全基因组;DNA甲基化;基因;差异表达

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2022 年 49 卷 003 期

页码： 519-532

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用全基因组DNA甲基化(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术对番木瓜4个成熟时期(绿熟期、破色期、熟化期、腐熟期)的果实样品进行高通量测序.C位点、CG、CHG和CHH序列平均甲基化水平分别为17.15%、49.33%、34.30%和8.28%.全基因组DNA甲基化水平在果实成熟过程中持续下降,同时差异表达基因(DEG)数量逐渐上升.全基因组DNA甲基化和转录组数据联合分析表明,基因表达水平与启动子及基因体甲基化水平呈显著正相关.筛选出CpACO4、CpPDS、CpXTH30 和CpXTH31等4个番木瓜果实成熟差异表达候选基因,利用荧光定量PCR和McrBC-PCR分别检测其表达水平和相应DMR序列甲基化水平,结果分别同转录组和全基因组DNA甲基化一致,推测这些基因在番木瓜果实成熟过程中起重要作用.

分类号： S667.9

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