橡胶林土壤宏基因组文库的构建及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陈旭玉

作者： 陈旭玉;周亚奎;贺春萍;余贤美;郑服丛

作者机构： 海南大学环境与植物保护学院;中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所海南分所;中国热带农业科学院环境与植物保护研究所;农业部热带农林有害生物入侵监测与控制重点开放实验室;海南省热带农业有害生物检测监控重点实验室

关键词： 土壤微生物;宏基因组文库;序列分析

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2008 年 29 卷 05 期

页码： 74-78

收录情况： CSCD

摘要： 构建包含了7680个克隆子的橡胶林土壤宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小约为4.3kb,DNA文库的容量约为32.25MB。随机挑取20个克隆子进行测序,NCBI的Blastx分析结果发现,3号与不能培养的微生物(Candidatus kuenenia)有一定的同源性。5号与Rickettsiella grylli的同源性达83%,可以初步推断其功能为吡哆醛生物合成裂解酶PdxS。11号和16号与分类地位尚未确定的细菌(Solibacter)有同源性,随机测序的这20个序列中,部分序列除与裂解酶、蛋白酶、激酶等蛋白有一定的同源性外,有5个与功能尚不清楚的蛋白有一定的同源性,其中13号与假定蛋白pEA28_01的同源性达100%。

分类号： S154.3

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