陆地棉转录组耐盐相关SNP 挖掘及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王晓歌

作者： 王晓歌;阴祖军;王俊娟;王德龙;樊伟丽;王帅;叶武威

作者机构：

关键词： 转录组;SNP 检测;GO分析;Pathway分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2016 年 14 卷 6 期

页码： 1524-1532

收录情况： CSCD

摘要： 为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP,本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料,从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP,并进行GO和Pathway注释。从对照(ck,c)和处理(salt-treated,s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP) 12 659个、SNPs(处理材料的SNP) 16 871个,其中对照特有SNP(SNPc-only) 2 102个,盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only) 4 547个。GO 注释分析发现gene~(SNPc),gene~(SNPs),gene~(SNPc-only)在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致,而gene~(SNPs-only)在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明,gene~(SNPc),gene~(SNPs),gene~(SNPc-only),gene~(SNPs-only)显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点,qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因,并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。

分类号：

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