秋石斛'水芙蓉'转录组SSR位点信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 林榕燕

作者： 林榕燕;孔兰;陈艺荃;钟淮钦;叶秀仙

作者机构：

关键词： 秋石斛;转录组;SSR位点;多态性

期刊名称： 北方园艺

ISSN： 1001-0009

年卷期： 2025 年 015 期

页码： 42-48

收录情况： 北大核心

摘要： 以秋石斛‘水芙蓉’为试材，采用生物信息学手段，研究了秋石斛转录组SSR位点的出现频率、基元种类、重复次数、长度分布等信息，并对设计挑选的50对SSR引物进行评价分析，以期为筛选适用于石斛种质资源评价和杂交后代鉴定的分子标记引物提供参考依据。结果表明：从20 782条秋石斛Unigene(>1 000 bp)中搜索到8 458个SSR位点，SSR位点发生频率和出现频率分别为31.53%和40.70%。进一步分析，发现SSR位点以单核苷酸重复为主(60.90%),共检测到106种SSR重复基元种类，单核苷酸中A/T重复基序最多，二核苷酸中AG/CT、GA/TC重复基序较多；SSR基元的重复次数主要集中在5～16次，占总SSR位点数量的95.78%;序列长度在10～20 bp的SSR位点有7 493个(88.59%),六核苷酸重复的平均长度最大(36 bp),单核苷酸重复的平均长度最小(11.41 bp)。通过琼脂糖凝胶电泳，从50对引物中筛选出42对有效扩增引物，其中14对引物具有多态性。该研究结果说明了秋石斛转录组SSR位点出现频率较高，具有开发多态性引物的潜力，可为后续石斛遗传多样性分析、分子辅助育种等研究提供候选标记资源。

分类号： S682.31

  • 相关文献

[1]基于转录组的3种缬草SSR位点信息比较分析. 王鑫,武俊达,姜玲玲,周景瑞,吕中允,罗文菊,艾蓉,舒福兴,许浩翔,冉江,雷露,钟学志,余波. 2024

[2]美国大灵芝(Ganoderma oregonense)转录组SSR位点的生物信息学分析. 陈诚,刘晓飞,李强,王剑,伏荣桃,张鸿,卢代华. 2018

[3]杂交兰转录组SSR信息分析及EST-SSR标记开发应用. 钟淮钦,林榕燕,林兵,吴建设,樊荣辉,叶秀仙. 2020

[4]利用芥菜转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析. 李永平,张双照,薛珠政,温庆放. 2020

[5]火龙果转录组SSR的信息分析及其分子标记开发. 王壮,郑乾明,成文韬,毛永亚,蔡永强,马玉华. 2018

[6]桃(Prunus persica [L.] Batsch)转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 何平,李林光,王海波,李慧峰,常源升. 2016

[7]花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发. 林珲,李永平,薛珠政,陈敏氡,朱海生,温庆放. 2019

[8]中国南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 朱海生,王彬,叶新如,刘建汀,李永平,陈敏氡,林珲,温庆放. 2019

[9]利用黄秋葵转录组信息挖掘SSR标记及用于种质分析. 李永平,刘建汀,陈敏氡,张前荣,朱海生,温庆放. 2018

[10]基于转录组测序的茄子SSR标记开发. 魏明明,陈钰辉,刘富中,张映,连勇. 2016

[11]美洲南瓜转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 朱海生,黄丽芳,王彬,刘建汀,叶新如,陈敏氡,张前荣,林珲,李永平,温庆放. 2018

[12]丝瓜转录组SSR位点分析及其分子标记开发. 朱海生,张前荣,刘建汀,陈敏氡,王彬,薛珠政,李大忠,温庆放. 2016

[13]芒果转录组中SSR位点信息分析与引物筛选. 罗纯,武红霞,姚全胜,王松标,许文天,马小卫. 2015

[14]莲雾转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 魏秀清,许玲,章希娟,余东,陈志峰,张丽梅,陈长忠,许家辉. 2018

[15]大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发. 刘新雨,田洁. 2020

[16]蓝靛果忍冬转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 张庆田,李晓艳,杨义明,范书田,艾军. 2016

[17]霍山石斛叶转录组中SSR位点信息分析. 洪克前,夏维丽,李佩玲,徐函兵,谷会,陈丽. 2020

[18]款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究. 贺润丽,韩毅丽,段静静,刘计权,王莉花. 2019

[19]雄性不育东方百合转录组SSR信息分析及其分子标记开发. 王立,王有国,崔光芬,王祥宁,马璐琳,段青,杜文文,贾文杰. 2019

[20]红花EST-SSR分子标记开发与初步验证. 覃瑞,陈贤军,湛蔚,向妮艳,刘虹,严兴初,黄稳,覃尔岱,李刚. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序