葡萄EST-SSR标记的开发及其应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭磊

作者： 郭磊;上官凌飞;房经贵;刘崇怀;于华平

作者机构：

关键词： 葡萄;EST;SSR;遗传多样性

期刊名称： 南京农业大学学报

ISSN： 1000-2030

年卷期： 2011 年 34 卷 04 期

页码： 27-34

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 从NCBI公共数据库中随机下载葡萄表达序列标签(expressed sequence tag,EST)8 925条,利用Phrap软件对这些序列进行拼接后形成5 642条序列,利用MISA软件共发掘出含有SSR位点的序列336条,共含有367个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为6.50%。二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复单元的SSR数目分别为79(21.53%)、83(22.62%)、29(7.9%)、60(16.35%)和116(31.61%)。利用Primer 3.0 Plus软件随机设计50对引物进行PCR扩增,用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析这些SSR引物的PCR扩增产物多态性。50对引物中有36对引物能在20个葡萄品种中扩增出理想的PCR产物,占总引物的72%。其中,26对引物扩增条带具有多态性。利用16对经过验证的EST-SSR引物对20个葡萄品种亲缘关系的分析获得了理想的研究结果。

分类号： S663.1

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