马齿苋的基因组大小估算及基因组调查测序

文献类型： 中文期刊

第一作者： 翟兆东

作者： 翟兆东;黄彦钧;赵泓;罗康胜;张彬;刘雪;周军;李大勇

作者机构：

关键词： 马齿苋（Portulaca oleracea）;基因组大小;基因组调查测序;流式细胞术;K-mer分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2023 年 002 期

页码： 464-471

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 马齿苋作为蔬菜、传统中药和动物饲料具有悠久的应用历史。然而，马齿苋的分子生物学研究一直比较滞后，缺乏组学数据是一个重要的障碍。本研究以栽培品种‘北农1号’（BN1）为实验材料，采用流式细胞术和基因组调查测序等技术对马齿苋基因组特征进行了初步研究。细胞遗传学染色体计数表明马齿苋BN1的体细胞有52条染色体（2n=52）。流式细胞术分析估算BN1的基因组大小在1 089～1 445 Mb之间。运用第二代DNA测序技术和K-mer分析，估算马齿苋BN1的基因组大小约为1 295 Mb，基因组杂合率为0.103%，重复序列含量为59.27%。本研究进一步利用获得的DNA序列数据，从头组装了一个大小为963.2 Mb的马齿苋基因组，重叠群N50长度为20.1 kb。BUSCO分析表明基因组完整度为90.4%。本研究为马齿苋的基因组测序和分子育种研究提供了有价值的数据。

分类号： S647

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