紫色黄秋葵转录组功能基因测序及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张少平

作者： 张少平;邱珊莲;郑云云;张帅;吴松海;何炎森;郑开斌

作者机构：

关键词： 紫色黄秋葵;转录组基因;测序分析;功能注释

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2017 年 31 卷 04 期

页码： 643-653

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 黄秋葵为药食兼用型植物,富含花青素、多糖、黄酮及萜类等活性成分。为探讨黄秋葵次级代谢过程中这些活性物质合成的遗传基础,以紫色黄秋葵嫩茎叶为材料,采用Illumina Hi Seq 2500高通量转录组测序技术获得23 026 500个短读序,经组装获得42 484个Unigene,平均长度877 bp。31 931个和21 926个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息;Unigene与COG、KOG数据库进行比对,根据其功能各分为24类和25类;通过Pfam数据库,所注释到的20 031个Unigene分属于7 277类蛋白结构域;GO注释到18 602个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等三大类的51个功能组,其中大量Unigene与细胞部分、细胞、催化活性、结合活性、代谢进程及细胞进程相关;根据KEGG数据库,可将7 619个Unigene定位到119个代谢途径分支,其中有1、3、35、61、13和70个Unigene分属于花色素苷、黄酮、类黄酮、N-多糖、二萜类和萜类骨架生物合成路径,它们可能参与这些活性物质的生物合成。本研究结果为后续深入开展黄秋葵花青素、黄酮类等物质代谢合成途径及相关功能基因研究奠定了基础。

分类号： S649

  • 相关文献

[1]基于转录组测序的紫色秋葵花青素合成相关基因研究. 张少平,应璐,邱珊莲,张帅,洪建基,郑开斌,余文权. 2018

[2]基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析. 夏丽飞,孙云南,宋维希,朱兴正,田易萍,蒋会兵,陈林波. 2020

[3]紫背天葵叶和花中花青素合成相关转录组基因分析. 张少平,郑开斌,洪佳敏,林宝妹,张帅,邱珊莲. 2019

[4]不同成熟度树葡萄叶片中类黄酮合成转录组基因分析. 张少平,郑开斌,洪佳敏,林宝妹,张帅,邱珊莲. 2019

[5]云南野生稻抗稻瘟病Pi-ta基因的检测及分析. 赵国珍,蒋春苗,刘吉新,陈于敏,余腾琼,程在全. 2014

[6]贵州地方水稻品种抗稻瘟病基因Pita功能区段序列变异分析. 杨奕,马继琼,孙一丁,许明辉. 2018

[7]桃RAPD扩增产物的不同电泳检测及其序列特征. 王文艳,王力荣,初建青,杨光,谭洪花,宋长年,房经贵. 2011

[8]吉林省牛病毒性腹泻病毒流行病学调查分析. 刘泽余,李健友,刘占悝,王楠,张淑琴,王超,郭利,张加力. 2019

[9]NaCl胁迫下黑果枸杞转录组测序分析. 马彦军,段慧荣,魏佳,Richard John Tiika,单立山,马瑞. 2020

[10]基于RNA-Seq的辣木叶转录组研究. 张雅玲,王小安,潘少霖,叶新福. 2017

[11]青梗花椰菜和白梗花椰菜转录组分析. 林珲,薛珠政,李永平,李大忠,刘建汀,朱海生,温庆放. 2018

[12]基于转录组测序技术的黄唇鱼SSR分子标记筛选. 赵彦花,区又君,温久福,李加儿,周慧. 2019

[13]溪黄草转录组测序及生物信息学分析. 王继华,蔡时可,梅瑜,李汉章,杨少海. 2020

[14]8个番石榴品种的转录组测序. 张丽梅,陈钟佃,张朝坤,魏秀清,许家辉. 2021

[15]米蛾嗅觉基因的转录组分析. 李鹏燕,张秋婷,黄铮昱,黄华,陈伟平,廖永林. 2021

[16]建兰转录本的微卫星序列和单核苷酸多态性信息分析. 李小白,向林,罗洁,秦德辉,孙崇波. 2014

[17]基于宏转录组学技术对豆酱中活菌群落分析方法的建立. 安飞宇,武俊瑞,尤升波,解梦汐,陈旭,赵越,包海燕,乌日娜. 2020

[18]微生物宏基因组数据分析方法研究进展. 李敏,赵圣国,郑楠,王加启. 2020

[19]基于转录组测序的铁皮石斛黄酮代谢途径及相关基因解析. 林江波,王伟英,邹晖,戴艺民. 2019

[20]薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及SSR预测. 李文燕,崔百元,刘勤坚. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序