基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因

文献类型： 中文期刊

第一作者： 姚怡玮

作者： 姚怡玮;徐静;杨萌;李燕呢;何美军;郭坤元;吴斌

作者机构：

关键词： 野葛;生物信息学;microRNA;靶基因

期刊名称： 中国现代中药

ISSN： 1673-4890

年卷期： 2019 年 04 期

页码： 429-437

摘要： 目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs(miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块"psRobot-mir"将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测。结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100%。基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白。结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础。

分类号： S567.19`Q811.4

  • 相关文献

[1]microRNA在植物生长发育中的作用. 刘海丽,丁艳菲,潘家荣,江琼,王光钺,朱诚. 2013

[2]花生荚果发育过程中的microRNA鉴定与表达分析. 胡冬秀,刘浩,洪彦彬,梁炫强,陈小平. 2021

[3]LPS诱导镰形扇头蜱miRNAs及miR-133-3p靶基因的验证. 王方方,龚海燕,张厚双,周勇志,曹杰,周金林. 2015

[4]microRNA的功能及家蚕microRNA的研究进展. 宋菲,王欣,钱平,陈晨,范洋洋. 2015

[5]4条小麦保守MicroRNAs的表达谱分析及其靶基因预测. 闫妍,韩冉,赵惠贤. 2012

[6]刺参响应灿烂弧菌侵染差异microRNAs鉴定及靶基因分析. 畅孟阳,李彬,荣小军,王锦锦,于永翔,王印庚,廖梅杰,张正,范瑞用,刘清兵. 2023

[7]靶向MAPK信号通路调控脂肪细胞分化的microRNAs. 张秀秀,郭云涛,黄万龙,李嫒,苗向阳. 2016

[8]降解组测序技术在玉米雌穗发育相关miRNA靶基因中的应用. 赵晓锋,吕盼晴,张珂,付忠军,许蒙蒙. 2015

[9]葡萄miR164家族生物信息学分析及靶基因预测. 王丽丽,葛金涛,刘兴满,赵统利. 2016

[10]miR-18a-5p在鸡不同生长时期的表达及其生物信息学分析与靶基因预测. 黄正洋,黄华云,穆春宇,李春苗,王钱保,黎寿丰,赵振华. 2021

[11]牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析. 郭云涛,张秀秀,苗向阳. 2015

[12]猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析. 张家庆,武松霞,任巧玲,王献伟,陈俊峰,王璟,白献晓,邢宝松. 2019

[13]利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA. 陈蔚,黄勇,赵巧玲,宋菲,裘智勇. 2011

[14]小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测. 叶可勇,陈瑶,李瑞梅,符少萍,郭建春. 2012

[15]葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析. 曲俊杰,孙嘉曼,尹玲,潘凤英. 2017

[16]miR-370-3p在绵羊中的表达、生物信息学分析与靶基因预测. 王丹,张双双,贾琪,张新玉,付佳棋,张立春,孙福亮. 2024

[17]茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测. 张磊,晁江涛,崔萌萌,陈雅琼,宗鹏,孙玉合. 2011

[18]华支睾吸虫细胞外囊泡中miRNAs调控宿主靶基因的预测及生物信息学分析. 魏伟,孙云异,毛瑞锋,张爱辉,贾斌,张军,王春仁,高俊峰. 2023

[19]牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析. 周学兰,吴晓云,梁春年,郭宪,丁学智,褚敏,阎萍. 2021

[20]牦牛miR-381的靶基因预测及生物信息学分析. 周学兰,吴晓云,梁春年,郭宪,丁学智,褚敏,王宏博,裴杰,包鹏甲,阎萍. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序