基于RNA-Seq技术的盐胁迫向日葵转录组信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙瑞芬

作者： 孙瑞芬;张艳芳;郭树春;于海峰;李素萍;聂惠;乔慧蕾;安玉麟

作者机构：

关键词： 向日葵;盐胁迫;RNA-Seq;转录组分析;Unigene

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2015 年 13 卷 12 期

页码： 2736-2742

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 本研究采用RNA-Seq技术,进行了120 mmol/L Na Cl胁迫下向日葵耐盐品种P50和盐敏感品种P29转录组测序和De novo组装。P50和P29分别获得106 275和119 350条unigenes,平均长度分别为716 bp和685 bp。2个样品的长序列聚类后,获得了110 751条All-unigenes,总长度为96 970 017 nt,平均长度为876 nt。对获得的All-unigenes进行功能注释,注释到NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO数据库的All-unigenes分别是71 610、52 569、50 827、46 676、32 215和52 406个,所有注释上的All-unigenes是77 536个。基于NR和KEGG的注释结果,对All-unigenes进行GO和KEGG功能分类,分别获得55个功能小类和128个Pathways注释。研究结果为进一步进行P50和P29转录组差异表达基因分析及耐盐相关基因挖掘奠定了基础。

分类号： S565.5

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