基于马铃薯腐烂茎线虫基因组的SSR信息分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 马居奎

作者： 马居奎;孙厚俊;张成玲;杨冬静;谢逸萍

作者机构：

关键词： 马铃薯腐烂茎线虫;全基因组序列;SSR标记

期刊名称： 金陵科技学院学报

ISSN： 1672-755X

年卷期： 2019 年 02 期

页码： 70-74

摘要： 为了研究马铃薯腐烂茎线虫在我国的遗传关系,获得稳定的马铃薯腐烂茎线虫分子标记,使用MISA软件对马铃薯腐烂茎线虫全基因组1 761个scaffolds进行搜索,共获得9 745个SSR位点,平均11.40 kb出现一个SSR。在重复基元中,单核苷酸基元出现频率最高(83.06%),其次为二核苷酸重复基元(10.62%);除单核苷酸重复基元外出现次数最多的重复基元是AT/AT(5.36%)。马铃薯腐烂茎线虫基因组SSR位点长度小于12 bp分布最为广泛,占总SSR的59.67%,长度大于30 bp的最少,共有114个,仅占1.17%。研究表明,利用马铃薯腐烂茎线虫基因组数据可作为开发SSR标记的有效来源,为进一步开发马铃薯腐烂茎线虫SSR标记奠定了基础。

分类号： S435.32

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