芹菜和细叶旱芹叶绿体基因组结构特征与系统进化分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杜佳庚

作者： 杜佳庚;李晓燕;李威龙;谭国飞;熊爱生;李梦瑶

作者机构：

关键词： 芹菜;细叶旱芹;叶绿体基因组;结构特征;进化

期刊名称： 植物生理学报

ISSN： 2095-1108

年卷期： 2024 年 60 卷 003 期

页码： 471-482

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 芹菜(Apium graveolens)和细叶旱芹(Apium leptophyllum)同为伞形科草本植物,二者均富含丰富的营养元素并具有较高的药用价值.利用Illumina NovaSeq 6000和Nanopore测序平台对芹菜和细叶旱芹的叶绿体基因组进行测序,通过组装和注释获得完整叶绿体基因组序列,并将其序列特征与伞形科其他物种进行差异比较.结果表明,芹菜和细叶旱芹叶绿体基因组全长分别为152 025和158 702 bp,分别包含87和94个蛋白质编码基因,都具有8个rRNA基因和37个tRNA基因.芹菜和细叶旱芹重复序列的类型与分布模式相似,但数目略有差异,芹菜叶绿体基因组中鉴定到202个SSRs,低于细叶旱芹中的219个.与大多数被子植物一样,芹菜和细叶旱芹均偏好使用A/T结尾的密码子;核酸多样性分析显示,二者叶绿体基因组SSC区域中rpl32基因可作为潜在的分子标记用以鉴定伞形科物种.比较基因组学分析结果表明,伞形科植物叶绿体全基因组大小、结构、基因组成和排列顺序等在种内及种间均高度保守,均未检测出大片段的基因重排,呈现出高度共线性关系.基于20种伞形科植物的叶绿体基因组序列构建系统进化树,揭示了芹菜和细叶旱芹物种之间高度相似.本研究为芹菜和细叶旱芹叶绿体基因组提供了全面的信息,有助于今后更全面的了解伞形科植物叶绿体基因组的特征与进化.

分类号： S636.3

  • 相关文献

[1]茶树叶绿体基因组的研究与应用进展. 杨雨青,谭娟,汪芳,彭顺利,陈婕,谭明燕,吕美艳,周富裕,刘声传. 2024

[2]小檗属植物叶绿体基因组序列结构及系统发育分析. 李述成,郭生虎,贝盏临. 2022

[3]叶绿体基因组研究进展. 邢少辰,CLARKE JIHONG LIU. 2008

[4]玉蜀黍属植物叶绿体基因组进化及变异研究. 马闯,贾民隆,王杰,彭丹,邢国芳,武志强. 2024

[5]细叶旱芹在贵州的分布及防治方法. 谭国飞,罗庆,钟秀来,王天文. 2019

[6]长囊水云叶绿体基因组密码子使用特征分析. 刘福利,王飞久,邵展茹. 2012

[7]贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析. 兰青阔,赵新,陈锐,王成,陈笑芸,汪小福,王永,兰璞. 2020

[8]木薯叶绿体基因组密码子偏好性分析. 赵英,付海天,金刚,徐钏,宋恩亮,罗燕春,莫永龙. 2022

[9]黑喉石斛叶绿体基因组特征及比较分析. 杜致辉,杨澜,张朝君,许红娟,陈之林. 2021

[10]禾本科主要农作物叶绿体基因组研究进展. 李裕华,任永康,赵兴华,刘江,韩斌,王长彪,唐朝晖. 2020

[11]构建结球甘蓝KIN基因在叶绿体基因组定点表达的载体. 陶鹏,黄小云,李必元,王五宏,岳智臣. 2015

[12]桑叶葡萄叶绿体基因组及其特征分析. 杨亚蒙,焦健,樊秀彩,张颖,姜建福,李民,刘崇怀. 2019

[13]南五味子属叶绿体基因组密码子偏好性分析. 刘涛,尹登攀,金吉芬,彭志军,李兴忠,汪得凯. 2023

[14]‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析. 王小柯,郑乾明,罗怿,柏自琴,李文云,李金强,蔡永强. 2019

[15]三倍体茶树'西莲1号'叶绿体基因组特征及系统发育分析. 刘振,赵洋,杨培迪,成杨,唐怀廷,杨阳. 2023

[16]彩色花椰菜叶绿体全基因组特征分析. 朱惠霞,陶兴林,刘明霞. 2023

[17]扁蓿豆叶绿体基因组密码子偏好性分析. 田春育,武自念,李贤松,李志勇. 2021

[18]基于叶绿体InDel标记对玉米S型胞质不育制种鉴定的研究. 田红丽,晏朋涛,王蕊,杨扬,许理文,易红梅,王元东,宋伟,席章营,赵久然,王凤格. 2019

[19]欧洲原始野生甘蓝的收集引进及其遗传多样性和群体遗传结构的分析. 许鲲,伍晓明,陆光远,陈碧云,高桂珍. 2009

[20]黄花型扁蓿豆叶绿体基因组及其系统发育分析. 温静,郭茂伟,朱琳,李志勇,李鸿雁,魏鹏,闫慧芳,赵诚贵. 2024

作者其他论文 更多>>

微信小程序