肇实转录组测序及生物信息学分析 被引量:1

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王继华

作者： 王继华;黎俊荣;蔡时可;邓沛飞;钟春燕;刘晓津

作者机构：

关键词： 肇实;转录组分析;基因注释;EST-SSR

期刊名称： 中药材

ISSN：

年卷期： 2019 年 011 期

页码： 2513-2518

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息.方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发.结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700 bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp.肇实转录组中GC含量49.71%,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp.与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91%的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释.在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类(共68个亚类);在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息.共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel.结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础.

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