基于宏病毒组学技术挖掘猪腹泻粪便的病毒群落组成

文献类型： 中文期刊

第一作者： 陶洁

作者： 陶洁;李本强;程靖华;石迎;刘佩红;何桂霞;徐伟杰;刘惠莉

作者机构：

关键词： 仔猪腹泻病;宏病毒组学;病毒群落;全基因组序列

期刊名称： 生物多样性

ISSN： 1005-0094

年卷期： 2023 年 31 卷 011 期

页码： 131-139

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为系统鉴定现阶段上海地区仔猪腹泻样品中的病毒群落组成,本研究利用宏病毒组学技术对临床采集的猪腹泻粪便进行了宏病毒高通量测序.结果显示,测序获得了 1,676,726个RNA contig和95,111个DNA contig,RNA病毒和DNA病毒序列分别占比38.58%和3.10%.其中星状病毒科、杯状病毒科和小RNA病毒科是病毒总群落中占比最高的前3个科.虽然DNA病毒在病毒总群落中的占比较低,但其单组分环状DNA(CRESS-DNA)病毒种类丰富多样,包含有18种CRESS-DNA病毒.经基因组序列深度拼接,共获得了46条病毒全基因组序列,包括2株猪星状病毒和3株类似星状病毒、2株札幌病毒、16株小双节RNA病毒和23株CRESS-DNA病毒.其中1株札幌病毒归属于GⅡ/3亚型,与人札幌病毒亲缘性较近.16株小双节RNA病毒中有4株归属于GGⅠ亚型,其余12株归属于GGⅡ亚型.23株CRESS-DNA病毒中有1株归属于类双生病毒科、12株CRESS-DNA病毒归属于小环状DNA病毒科,另外10株CRESS-DNA病毒未分类.本研究揭示现阶段猪腹泻粪便中以RNA病毒为主导,且存在宿主多样性,提示可能存在种间基因重组,病原潜在危害性需进一步挖掘和验证.研究数据将为临床猪腹泻病防控提供参考和借鉴.

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