基于Perl脚本的大豆核苷酸序列高通量提取

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张大勇

作者： 王长彪;易金鑫;何晓兰;马鸿翔

作者机构：

关键词： 大豆全基因组;序列提取;序列分析;液泡膜水通道蛋白;Perl程序

期刊名称： 南京农业大学学报

ISSN： 1000-2030

年卷期： 2012 年 35 卷 01 期

页码： 11-17

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 自从大豆全基因组测序完成和序列公布之后,阐明每个基因的生物学功能和调控网络成为当前的主要任务。基于Perl脚本开发了一套可以高通量、快速提取序列的程序,该程序可以批量提取大豆染色体某个区间的核苷酸序列并利用其他工具进行批量分析,还可用于某个基因在全基因组中的所有序列分析。本研究分别对大豆第4染色体Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间的基因序列和水通道蛋白基因家族成员TIP(液泡膜水通道蛋白)序列进行提取。结果发现:Glyma04g00930.1～Glyma04g01740.1区间共含有112个基因序列;大豆全基因组共有91个TIP基因,在20条染色体上均有分布,且在第12染色体上分布最多,多达10个,暗示该染色体可能对大豆的水分利用效率起着重要作用,基因所含内含子数为1～8个。序列提取所用的2个脚本程序可以从http://www.zlhyd.com/sxbi/soybean_strict.rar下载。

分类号： S565.1

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