杏EST-SSR标记的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 上官凌飞

作者： 上官凌飞;李晓颖;宁宁;王玉柱;章镇;房经贵

作者机构：

关键词： 杏;梅;EST-SSR;遗传差异分析

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2011 年 38 卷 01 期

页码： 43-54

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用MISA软件对NCBI上杏的15387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1073条,共有1353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点。根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。

分类号： S662.2

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