基于高基元SSR构建黍子DNA分子身份证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 丁艺冰

作者： 丁艺冰;丁雨格;陈凌;王海岗;陈喜明;王瑞云;乔治军

作者机构：

关键词： 黍子;SSR标记;主成分分析;分子身份证;DNA条形码;二维码

期刊名称： 山西农业科学

ISSN： 1002-2481

年卷期： 2022 年 50 卷 005 期

页码： 620-629

摘要： 为了系统管理和区分鉴别黍子(Panicum miliaceum)资源,建立大数据管理平台,为种质身份标识的研究与鉴定提供理论依据,实现管理的科学规范化,选取来自于华北平原、黄土高原、东北平原等不同地理区域的20份黍子材料,基于30对高基元SSR引物(6、5、4碱基各重复4、10、21对)进行遗传多样性分析;利用PowerMarker 3.25、PopGen 1.32和MEGA 5.0软件计算遗传多样性参数和遗传距离聚类,利用Ntsys 2.11和ID Analysis 4.0分别进行主成分分析和引物组合优化,利用在线条形码生成器(http://barcode.cnaidc.com/app/html/bcgcode128.php)和在线二维码生成器(http://cli.im)生成条形码和二维码DNA分子身份证.结果表明,所选取的35对引物中10对引物可作为候选核心引物,这10对引物共检测出等位变异10个,有效等位变异为2.1682~2.9851个,平均为2.6367个;Shannon多样性指数为0.8997~1.0961,平均为1.0206;观测杂合度为0.4737~0.8333,平均为0.6777;期望观测杂合度为0.5533~0.6821,平均为0.6350;Nei's基因多样性指数为0.5388~0.6650,平均为0.6173;多态性信息含量为0.5262~0.7493,平均为0.6579.用5对引物组合(RYW8、RYW12、RYW5、RYW2、RYW1)可将全部材料区分,在线二维码生成器中输入各黍子的名称、统一编号、生态区、来源、字符串等信息,成功构建了20份黍子资源的DNA分子身份证.

分类号： S516

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