miR-18a-5p在鸡不同生长时期的表达及其生物信息学分析与靶基因预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 黄正洋

作者： 黄正洋;黄华云;穆春宇;李春苗;王钱保;黎寿丰;赵振华

作者机构：

关键词： 鸡;miR-18a-5p;靶基因;表达分析;生物信息学

期刊名称： 中国畜牧兽医

ISSN： 1671-7236

年卷期： 2021 年 012 期

页码： 4361-4371

收录情况： 北大核心

摘要： 为探究miR-18a-5p在鸡不同生长时期组织表达变化规律及其生物信息学特点,本研究以苏禽3号鸡为试验动物,利用实时荧光定量PCR技术检测不同生长时期鸡miR-18a-5p的组织表达变化。通过文献和miRBase检索脊椎动物的miR-18a-5p序列,利用Ensembl数据库确定miR-18a-5p在基因组中的位置,根据成熟序列构建系统进化树;使用miRmap、microT、miRanda和TargetScan网站预测miR-18a-5p靶基因,并进行GO和KEGG分析。组织表达分析结果显示,miR-18a-5p序列在鸡心脏、脾脏、肾脏和下丘脑中的表达量显著高于除大脑以外的其他组织（P<0.05）。与3日龄雏鸡相比,90日龄鸡心脏、脾脏、肾脏、腿肌和下丘脑中miR-18a-5p的表达量均显著上升（P<0.05）。在50种脊椎动物中共发现52条miR-18a-5p序列,几乎所有物种都只有1条成熟序列;基因定位分析发现,鸡miR-18a-5p位于1号染色体上的基因间隔区。多序列比对分析表明,不同物种miR-18a-5p的成熟序列同源性较高,物种间较为保守。系统进化树分析发现,鸡miR-18a-5p与原鸽、斑胸草雀等其他鸟类聚为一类,这表明miR-18a-5p进化过程中是保守的。靶基因预测和功能分析发现,miR-18a-5p共有121个靶基因。GO分析结果显示,靶基因主要富集到蛋白质泛素化、细胞周期阻滞、白细胞介素-6产生的负调控等功能。KEGG通路分析表明,靶基因主要富集到细胞周期及Wnt和FoxO信号通路等。多个与肌肉生长及细胞增殖等相关的基因富集到相关通路之上。综上,鸡miR-18a-5p是组织广泛表达的miRNA,其可能通过Wnt及FoxO信号通路调控肌肉生长及细胞增殖分化。本研究为miR-18a-5p功能及调控机制的深入研究提供参考依据。

分类号： S831.2

  • 相关文献

[1]miR-370-3p在绵羊中的表达、生物信息学分析与靶基因预测. 王丹,张双双,贾琪,张新玉,付佳棋,张立春,孙福亮. 2024

[2]葡萄miR164家族生物信息学分析及靶基因预测. 王丽丽,葛金涛,刘兴满,赵统利. 2016

[3]基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因. 姚怡玮,徐静,杨萌,李燕呢,何美军,郭坤元,吴斌. 2019

[4]牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析. 郭云涛,张秀秀,苗向阳. 2015

[5]猪miR-149靶基因预测及生物信息学分析. 张家庆,武松霞,任巧玲,王献伟,陈俊峰,王璟,白献晓,邢宝松. 2019

[6]利用生物信息学方法预测家蚕核型多角体病毒基因组编码的miRNA. 陈蔚,黄勇,赵巧玲,宋菲,裘智勇. 2011

[7]小果野蕉microRNAs及其靶基因的生物信息学预测. 叶可勇,陈瑶,李瑞梅,符少萍,郭建春. 2012

[8]葡萄miR169及其靶基因的生物信息学分析. 曲俊杰,孙嘉曼,尹玲,潘凤英. 2017

[9]茄子microRNAs与其靶基因的生物信息学预测. 张磊,晁江涛,崔萌萌,陈雅琼,宗鹏,孙玉合. 2011

[10]华支睾吸虫细胞外囊泡中miRNAs调控宿主靶基因的预测及生物信息学分析. 魏伟,孙云异,毛瑞锋,张爱辉,贾斌,张军,王春仁,高俊峰. 2023

[11]牦牛miR-383的靶基因预测及生物信息学分析. 周学兰,吴晓云,梁春年,郭宪,丁学智,褚敏,阎萍. 2021

[12]牦牛miR-381的靶基因预测及生物信息学分析. 周学兰,吴晓云,梁春年,郭宪,丁学智,褚敏,王宏博,裴杰,包鹏甲,阎萍. 2019

[13]牦牛miR-101的靶基因预测及生物信息学分析. 凌笑笑,吴晓云,梁春年,唐朋,王宏博,包鹏甲,郭宪,阎萍. 2017

[14]gga-miR-26a的组织特异性表达及其靶基因的预测分析. 李瑞瑞,张子晓,赵振华,韩威,向海,王钱保,黄正洋,李春苗,宗毅,黄华云. 2024

[15]鸡堆型艾美耳球虫新基因的克隆与生物信息学分析. 阎晓菲,黄兵,韩红玉,杨斌,岳城,赵其平,姜连连,董辉. 2014

[16]几个地方鸡种MHCB-G座位克隆与生物信息学分析. 屠云洁,苏一军,张学余,李国辉. 2012

[17]鸡肠炎沙门菌毒力蛋白SipD生物信息学分析及原核表达. 原亮,韩晓玺,巩颖超,樊夏楠,郝蓓莉,郝双双,李昌文,常轶聪,李睿,刘芳萍. 2024

[18]鸡MOB基因的克隆与表达谱分析. 于晓龙,金洪洲,李响,满朝来. 2009

[19]江西2个地方鸡品种MHC B-G座位多态性及生物信息学分析. 屠云洁,苏一军,李国辉,张学余,殷建玫. 2013

[20]鸡抗菌肽NK-lysin的生物信息学分析. 杭柏林,李杰,张慧辉,徐彦召,徐军. 2017

作者其他论文 更多>>

微信小程序