适于多物种的通用尾巴序列设计及通用体系的建立

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙擘

作者： 孙擘;王蕊;霍永学;葛建镕;匡猛;王凤格

作者机构：

关键词： PCR;荧光电泳;通用引物;引物设计

期刊名称： 生物技术通报

ISSN： 1002-5464

年卷期： 2024 年 005 期

页码： 94-102

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】荧光毛细管电泳由于其检测通量高、分辨率高等优点，被广泛应用于个体鉴定、品种鉴定、物种鉴定等多种应用场景中。尾巴序列为荧光毛细管电泳平台的广泛应用提供了高效的解决方案。为解决已有尾巴序列无法满足多物种使用需求，本研究基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列（universal tailed-sequence,UTS）设计工具。基于此工具设计通用尾巴序列，构建适合多作物的通用型PCR体系和程序，提高荧光电泳通量和灵活性。【方法】基于编码转译技术开发高效的通用尾巴序列设计工具，并对3 755个常用汉字进行编码转译，并设置序列GC含量、发卡结构及同源引物二聚体退火温度等筛选条件得到符合条件的UTS。使用BLAST工具对通用尾巴序列设计工具生成的UTS在多种生物基因组上进行同源性评估，并在玉米、番茄、辣椒、西瓜等作物上进行实验评估，构建物种通用型实验体系及程序。【结果】通过设计工具编码转译并筛选共得到7 436 833个高质量的候选UTS，占所有字组的52.74%。挑选6个UTS在20个作物基因组上的BLAST结果显示其与M13相比具有更好的特异性。通过对通用引物扩增程序进行优化，使通用引物在多个物种上的扩增成功率达到或超过95%，并具有较强的稳定性。【结论】利用编码转译技术开发通用尾巴序列，并为其搭配物种通用型扩增体系和程序，提供一种通量高、成本低的荧光电泳通用检测方法。

分类号： Q503

  • 相关文献

[1]ScYLV和SrMV的PCR引物优化设计. 王洪星,张雨良,罗志文,杨文君,刘志昕. 2012

[2]通用引物PCR法在人乳头瘤病毒基因检测中的应用. 郭洁,朱中元,王海波,王莉. 2007

[3]猪传染性胃肠炎病毒、猪流行性腹泻病毒和猪A群轮状病毒多重PCR检测方法的建立. 路超,张莉,韩伟,王利丽,杨春蕾. 2016

[4]虫草属EST-SSR标记系统的建立研究. 管俊娇,虞泓,解云峰,左世梅,马荣锋,曾文波. 2011

[5]RSAP标记技术新引物设计及其反应体系的优化. 张明科,张鲁刚,巩振辉,惠麦侠. 2009

[6]基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计. 郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云. 2019

[7]重组酶聚合酶扩增技术的研究进展及其应用. 杜亚楠,赵笑,范小瑞,张琪,赵凯,许燕. 2018

[8]一种大白菜新型甘蓝型油菜CMS快速鉴定方法及应用. 刘晓东,李海山,孟川,王玉海,吴芳,牟金贵,马俊贤,王明秋. 2020

[9]鉴别牛早期胚胎性别PCR方法引物的设计与筛选. 王宗礼,王栋,程金华,杨波,朱化彬,郝海生,郭燚. 2005

[10]四引物扩增受阻突变体系PCR在苦瓜抗白粉病分子标记开发中的应用. 冯诚诚,梁家作,陈小凤,黄玉辉,黄如葵. 2018

[11]基于EST信息的百合SSR标记的建立. 杨素丽,明军,刘春,穆鼎,李名扬. 2008

[12]半巢式多重PCR法对A组轮状病毒VP7基因的分型. 谷长维,胡博. 2021

[13]绿豆SSR标记的开发及遗传多样性分析. 叶卫军,陈圣男,杨勇,张丽亚,田东丰,张磊,周斌. 2019

[14]适用于玉米DNA指纹库构建的SSR核心引物的重新设计与优化. 于新艳,王凤格,赵久然,王玺,易红梅,王璐,郭景伦,匡猛,孙艳美. 2007

[15]火红熊蜂微卫星标记的筛选及种特异性分析. 安建东,黄家兴,董捷,周冰峰. 2011

[16]一种用于水稻点突变检测的PCR引物设计方法. 邱福林,邵国军,Hei LEUNG,吴建利,程式华. 2007

[17]黑麦草EST-SSR分子标记开发及生物信息学分析. 王秀华,李家丽,蒲艳艳,丛晓翔,林雪婷,于鸿翔,赵岩. 2016

[18]微型反向重复转座元件(MITE)靶区域扩增多态性:一种基于MITE的分子标记方法在水稻及其他植物上的应用. 马忠友,苏京平,孙林静,刘学军,王春敏,王胜军,曾斌,梁永书,闫双勇. 2007

[19]禽流感病毒H5、H7和H9亚型基因的引物设计与多重RT-PCR扩增. 张文慧,王伟利,刘明,钱爱东. 2008

[20]一种羊无浆体环介导恒温扩增方法的建立. 马米玲,刘志杰,关贵全,杨吉飞,李有全,刘爱红,任巧云,陈泽,罗建勋,殷宏. 2011

作者其他论文 更多>>

微信小程序