源于大豆EST的花生属(Arachis)同源SSR标记的开发及利用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 洪彦彬

作者： 洪彦彬;陈小平;刘海燕;周桂元;李少雄;温世杰;梁炫强

作者机构：

关键词： 大豆;花生属(Arachis);EST;SSR

期刊名称： 作物学报

ISSN： 0496-3490

年卷期： 2010 年 36 卷 03 期

页码： 410-421

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过拼接394370条大豆EST共获得82614条Uni-EST,其中2082条包含2191个SSR位点,平均每22.96kbEST出现1个SSR。二核苷酸重复在大豆EST-SSR中所占比例最大(63.5%),其次是三核苷酸重复(30.9%);AG/CT在SSR基序(motif)中出现频率最高(35.8%),AT/AT(25.4%)次之。2082条SSR-EST共设计引物685对,其中582对在4个大豆品种中得到有效扩增,98对检测出多态性。582对可扩增引物在花生属中的可转移性分析表明,大豆EST-SSR在花生属9大区组间的可转移性有所差异(12.4%～15.7%),匍匐区组最高,大根区组最低,平均为14.2%。79对可转移性同源标记在花生区组中的多态性分析表明,69个SSR在10个野生种间检测出多态性,仅5个在22个栽培品种中具多态性。对引物ES-105在大豆和花生区组中的扩增产物测序结果显示,两个大豆品种间仅SSR位点存在3个AT重复差异,其余序列均一致,而大豆与花生区组间的扩增产物在序列上存在较大差异,花生区组除缺失SSR位点外,侧翼序列也存在频密的插入/缺失和置换。研究结果表明,通过大豆EST开发花生属同源SSR标记具可行性。作为有功能的分子标记,大豆EST-SSR在花生区组内多态性丰富,可直接用于大豆-花生比较基因组研究。

分类号： S565.1

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