鸡Wnt3a的SNPs筛选及其与皮肤毛囊密度性状关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 屠云洁

作者： 屠云洁;姬改革;章明;刘一帆;巨晓军;单艳菊;邹剑敏;李华;陈智武;束婧婷

作者机构：

关键词： 鸡;Wnt3a;皮肤毛囊;SNP位点;连锁不平衡

期刊名称： 中国农业科学

ISSN： 0578-1752

年卷期： 2022 年 55 卷 023 期

页码： 4769-4780

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]Wnt信号通路在动物皮肤毛囊的发生发育中具有重要作用,前期研究结果表明Wnt3a可能是影响鸡皮肤毛囊密度性状的重要候选基因.为进一步验证Wnt3a在皮肤毛囊生长发育中的作用,研究以金陵花鸡为研究对象,筛选Wnt3a SNPs,并分析其与毛囊密度性状的相关性,以期找到对皮肤毛囊密度有显著影响的分子标记,为培育屠体美观的屠宰型肉鸡的"分子编写育种"提供参考.[方法]采用PCR扩增直接测序法对Wnt3a的SNPs位点进行筛查,分析单个SNP标记与皮肤毛囊密度性状的相关性.采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡(LD)程度,并分析不同单倍型组合与毛囊密度性状的相关性.[结果]共发现14个SNP位点,在第2外显子发现1个SNP位点(SNP1),为同义突变;第2内含子发现4个突变位点(SNP2—SNP5),在第3内含子发现9个SNP位点(SNP6—SNP14).卡方检验表明,第2外显子的1个突变位点(SNP1)和第2内含子的3个突变位点(SNP3—SNP5)的3个位点均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05),第3内含子的9个SNPs(SNP6-SNP14)偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05).SNP1—SNP5的He均小于0.50,PIC均小于0.25,这5个SNP位点遗传多样性较低.第3内含子的9个突变位点,SNP6、SNP7、SNP9位点PIC<0.25,其他6个突变位点0.25A)和SNP8(rs2555967G>A)位点与毛囊密度显著相关,8个SNPs(SNP6—SNP13)位点处于强连锁不平衡,母鸡H1H1单倍型毛囊密度最大.Wnt3a的SNP2和SNP8位点的单倍型组合H1H1(AGAA)、H1H2(AGAG)和SNP6—SNP13连锁产生的H1H1(AACCAATTTTAATTCC)单倍型组合与母鸡毛囊密度显著相关,可以为鸡毛囊密度"分子编写育种"提供重要遗传信息.

分类号： S831

  • 相关文献

[1]丝羽乌骨鸡SLC38A11基因分型及其与皮肤乌色度关联分析. 屠云洁,章明,巨晓军,姬改革,刘一帆,单艳菊,邹剑敏,束婧婷,赵伟东,郑国庆. 2024

[2]TRPM1基因分型及其与乌骨鸡皮肤乌色度关联分析. 屠云洁,章明,巨晓军,姬改革,刘一帆,单艳菊,邹剑敏,束婧婷,赵伟东,郑国庆. 2024

[3]鸡皮肤毛囊性状研究进展. 姬改革,束婧婷,单艳菊,章明,屠云洁,刘一帆,巨晓军,邹剑敏. 2019

[4]Wnt3a减轻黑素细胞iMC65氧化应激损伤. 郑妍,杨珂,李娅莎,董世访,周丽娜. 2017

[5]基于转录组测序筛选鸡皮肤毛囊性状相关基因和关键通路. 陈春,魏岳,黄聪,黎观红,谢金防,武艳平. 2023

[6]甘薯IbANR基因的多态性分析. 武传建,戚骁,李仁赛,封功成,苏静静,葛海军,马代夫,王爱民. 2017

[7]基于SLAF-seq技术的乔木柳SNP位点开发. 李敏,郭聪,王莹,李玉娟,谈峰,张健. 2018

[8]贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析. 兰青阔,赵新,陈锐,王成,陈笑芸,汪小福,王永,兰璞. 2020

[9]高邮鸭MSTN 5′端非编码区SNP突变与生长性状的关联分析. 刘宏祥,薛敏开,宋卫涛,徐文娟,朱春红,陶志云,章双杰,李慧芳. 2017

[10]松辽黑猪与北京黑猪杂交后代MyoD1基因的SNP位点分析. 王浩,赵少伟,谢素珠,张树敏,王大林,贾立军. 2020

[11]基于主成分和聚类分析的冀花高油酸花生品种综合评价. 郭敏杰,邓丽,李玉荣,王瑾,任丽. 2022

[12]中国对虾NAGase基因SNP标记的筛选及与耐高pH性状的关联分析. 韩旭,何玉英,李健,张海恩,周雨欣. 2021

[13]基于SLAF-seq技术的甘薯SNP位点开发. 苏文瑾,赵宁,雷剑,王连军,柴沙沙,杨新笋. 2016

[14]猪POU1F1第一内含子单核苷酸多态性和生长性状相关性研究. 方华,郑友民,李宏滨,杜立新,马月辉. 2009

[15]绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾、瘦尾绵羊群体中的多态性检测及分析. 张伟,沈敏,李欢,高磊,梁耀伟,杨井泉,刘守仁,王新华,甘尚权. 2013

[16]甘蓝型油菜每角果粒数全基因组关联分析. 肖小军,陈明,韩德鹏,余跑兰,郑伟,肖国滨,周庆红,周会汶. 2023

[17]基于SLAF-seq技术的树莓SNP位点开发. 杨光,孙兰英,李鹏举,段亚东. 2018

[18]草鱼羧肽酶A4基因部分序列多态性及生长性状关联分析. 曹婷婷,刘小献,白俊杰,于凌云. 2012

[19]BPI基因生物信息学分析及其在不同猪群体中的遗传变异情况. 吴华莉,涂尾龙,曹建国,张莺莺,王洪洋,谈永松. 2019

[20]利用SALF-seq简化基因组测序分析茄子种质资源遗传多样性. 冯恩友,肖熙鸥,林文秋,莫定鸣,冯晓赓,马飞骏. 2022

作者其他论文 更多>>

微信小程序