拟轮枝镰孢菌EST-SSR信息分析与标记开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李新凤

作者： 李新凤;王建明;姜晓东;郝晓娟;张祖维;田宏先

作者机构：

关键词： 拟轮枝镰孢菌;EST-SSR;信息分析;遗传多样性;通用性

期刊名称： 植物保护学报

ISSN： 0577-7518

年卷期： 2018 年 04 期

页码： 819-826

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为开发可用于拟轮枝镰孢菌Fusarium verticillioides及其近缘种遗传多样性分析的SSR引物,利用生物信息学方法和PCR技术,通过对从NCBI下载的87 086条拟轮枝镰孢菌的EST序列信息进行分析,设计EST-SSR引物,检测其在拟轮枝镰孢菌及其近缘种中的扩增情况,并用筛选出的多态性引物对15株拟轮枝镰孢菌进行SSR遗传多样性分析。结果表明,在EST序列中,共查找到11 952个SSR位点,592种重复基元,SSR出现频率为1.09%,重复基元出现数量最多的为三核苷酸(54.00%),其中(CAA/TTG)n基元出现频率最高。设计的25对EST-SSR引物在拟轮枝镰孢菌种内的有效扩增率和多态率分别为80.00%与32.00%,对5种近缘镰孢菌种的通用率和多态率分别为40.00%和8.00%。遗传多样性分析结果表明,在相似系数为0.664水平下,供试菌株可划分为4个SSR类群,但类群的划分与菌株的地理来源无关;不同菌株间存在明显的遗传分化。表明基于拟轮枝镰孢菌EST序列开发的SSR引物可用于拟轮枝镰孢菌及其近缘种的遗传多样性分析。

分类号： S432.4

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