藏羊VEGF-A基因编码区多态性及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王朝风

作者： 王朝风;岳耀敬;刘建斌;郭婷婷;韩吉龙;杨敏;赵帅;杨博辉

作者机构：

关键词： 藏羊;VEGF-A基因;多态性;生物信息学分析

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2013 年 28 卷 06 期

页码： 56-61

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为研究藏羊VEGF-A基因编码区多态性与藏羊耐高寒、缺氧环境的相关性,以藏羊的血样为材料,运用DNA池测序和直接测序法检测VEGF-A基因的序列变异,比较其基因型频率和等位基因频率的差异,并对不同的多态位点间进行连锁不平衡和单倍型分析。然后预测蛋白质序列的改变,并用生物信息学软件对蛋白质序列的结构及性质进行分析。结果表明,在藏羊VEGF-A的编码区中有3个多态性位点,SNP2(g.15020T/A)碱基的突变导致了半胱氨酸变为丝氨酸。此氨基酸的变化并没有引起基因所编码蛋白的二级结构的变化。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。SNP1(g.15005T/A)的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体中和湖羊群体中差异不显著(P>0.05),而SNP2(g.15020T/A)、SNP3(g.15020T/A)的基因型频率和等位基因频率在藏羊群体和湖羊群体中差异显著(P<0.05),SNP2(g.15020T/A)、SNP3(g.15020T/A)的等位基因A是藏羊群体中的优势等位基因,SNP2和SNP3处于紧密连锁不平衡状态(D'>0.75,r2>0.33)。在单倍型分析中发现6种单倍型,其中TTT是藏羊群体中的主要单倍型。这可能与藏羊耐高寒、缺氧环境有关,可以尝试作为藏羊低氧适应性的候选分子标记,为藏羊遗传资源的保护、开发与新品种的选育提供科学依据。

分类号： S826

  • 相关文献

[1]牦牛VEGF-A基因的克隆及生物信息学分析. 吴晓云,阎萍,梁春年,郭宪,包鹏甲,裴杰,褚敏,丁学智,刘文博,焦斐,刘建. 2012

[2]藏羊HIF-1α基因CDS区多态性及生物信息学分析. 杨敏,韩吉龙,岳耀敬,史兆国,郭婷婷,吴瑜瑜,王朝风,郭健,刘建斌,孙晓萍,牛春娥,杨博辉. 2013

[3]牦牛Agouti基因的克隆及编码区多态性研究. 张建一,梁春年,吴晓云,张良斌,郭宪,裴杰,阎萍. 2014

[4]中国荷斯坦牛ABCG2基因编码区多态性检测及生物信息学分析. 路国彬,李宏滨,李玉荣,牛丽莉,任航行,杜立新. 2009

[5]黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析. 赵磊,张文蔚,齐放军,王升正. 2011

[6]鸡热休克蛋白70基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析. 晁哲,林哲敏,刘海隆,张星,郑心力,黄丽丽,谢亮,王峰. 2014

[7]8个新疆扁桃S-基因多态性与生物信息学研究. 郭春苗,杨波,吐迪·麦麦提,李宁,唐亚萍,龚鹏,王继勋. 2016

[8]天祝白牦牛GDF-10基因CDS区的多态性及生物信息学分析. 李天科,梁春年,郎侠,裴杰,吴晓云,刘建,秦文,阎萍. 2013

[9]4个绵羊品种FSHR基因多态性与生物信息学分析. 陈来运,袁超,孙晓萍,刘建斌,牛春娥,杨博辉. 2019

[10]五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析. 晁哲,王峰,黄丽丽,刘海隆,孙瑞萍,郑心力. 2015

[11]自然感染巴氏杆菌藏羊组织器官的病理学研究. 赵书艺,高欣,方梅,贾宁. 2014

[12]HIF-1α基因G901A多态性与高海拔低氧适应的相关性. 杨敏,史兆国,韩吉龙,岳耀敬,郭婷婷,郭健,刘建斌,孙晓萍,王朝风,杨博辉. 2013

[13]藏羊瘤胃发酵参数对燕麦干草为饲粮限饲的响应及其氮维持需要量估测. 张瑛,周建伟,刘浩,米见对,龙瑞军. 2014

[14]燕麦干草对藏羊尿中嘌呤衍生物、肌酐及马尿酸排出量的影响. 刘浩,周建伟,张瑛,尚占环,米见对,龙瑞军. 2014

[15]青藏高原东北缘放牧绵羊血清矿物元素动态研究. 辛国省,龙瑞军,郭旭生. 2011

[16]3种不同类型藏羊的屠宰性能和肉品质的比较分析. 周文静,袁泽湖,李熙成,郭淑珍,兰贵生,闫佰鹏,李发弟,李万宏,乐祥鹏. 2019

[17]人工喂养与自由牧食藏羊的食草咀嚼行为音频特征. 左丽诗,陆明洲,盛航,张海林,段光辉,尹旺. 2019

[18]低氮条件下饲粮能量水平对藏羊体外发酵特性及产气量的影响. 王文基,郭亚敏,康婧鹏,景小平,许卫星,龙瑞军,尚占环,周建伟. 2019

[19]不同能量水平低氮饲粮对藏羊表观消化率、氮代谢和生长性能的影响. 康婧鹏,王文基,郭亚敏,景小平,仲崇亮,郭伟,龙瑞军,周建伟. 2018

[20]低氮条件下饲粮能量水平对藏羊尿嘌呤衍生物排出量和瘤胃微生物氮产量的影响. 郭亚敏,王文基,康婧鹏,刘虎,景小平,龙瑞军,周建伟. 2018

作者其他论文 更多>>

微信小程序