燕麦核不育雄蕊转录组测序及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张丽君

作者： 张丽君;刘龙龙;乔治军;马名川;周建萍;范银燕;崔林

作者机构：

关键词： 燕麦;雄蕊;RNA-seq;生物信息学分析

期刊名称： 草地学报

ISSN： 1007-0435

年卷期： 2014 年 22 卷 02 期

页码： 140-146

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以重组自交构建的燕麦(Avena L.)近等基因系为研究对象,通过构建转录组测序文库并进行Illumina RNAseq双端测序及生物信息学分析,了解雄蕊生长发育过程,特别是花粉发育基因调控过程。共获得原始数据23.13Gb,有效数据20.61 Gb。通过de novo拼接,获得的unigene总长度约为95.95 Mb,均contig长度为716 nt,N50长度为1.07 kb。转录物注释结果显示,82992条转录物序列具有同源比对信息,COG和GO功能分类工具分别将已注释转录物序列划分为25个和56个功能类别。通过对2个材料间转录物序列及表达水平比较,初步确定在雄蕊形成过程中3643条序列表达量上调,50条序列表达量上调10倍以上;12312条序列表达量下调,2041条序列表达量下调10倍以上。

分类号： S512.6

  • 相关文献

[1]基于RNA-Seq对心肌肌钙蛋白Ⅰ R193H突变限制性心肌病小鼠转录组的分析. 干意,封叶,赵唯安,刘振国,张蕾,田杰. 2018

[2]水稻雄性不育系及其保持系雄蕊维管组织超微结构观察. 刘利华,周天理. 1992

[3]柑橘花器和种子中黄龙病菌的定量分布及应用. 宋雅琴,赵小龙,白先进,邓崇岭. 2014

[4]盆栽亚洲百合花器官数量变异研究. 孙明伟,赵统利,邵小斌,朱朋波,汤雪燕,王江英,慧林冲. 2018

[5]大花萱草‘金娃娃’雌雄蕊发育进程及其与花蕾长度的相关性研究. 崔贵梅,杨丽莉,孙毅,张彦芹. 2008

[6]甜樱桃B类MADS-box基因的分离与序列分析. 林苗苗,赵长竹,顾红,张慧琴,陈锦永. 2011

[7]普通丝瓜两性花现象的研究. 苏小俊,袁希汉,徐海,陈劲枫. 2007

[8]茶花两性结构类型的演化趋势与遗传动向研究. 郭元超. 1991

[9]6种番荔枝属果树雄蕊特性的研究. 邓穗生,高爱平,陈业渊. 2012

[10]钙及钙抑制剂对杏扁雄蕊抗寒性的影响. 刘铁铮,索相敏,吕德智,付雅丽. 2016

[11]基于RNA-Seq技术的盐胁迫向日葵转录组信息分析. 孙瑞芬,张艳芳,郭树春,于海峰,李素萍,聂惠,乔慧蕾,安玉麟. 2015

[12]基于RNA-Seq技术的谷子新基因发掘及基因结构优化. 穆彩琴,张瑞娟,屈聪玲,韩渊怀,王兴春. 2016

[13]基于RNA-Seq的稻瘟病菌Δznf1突变体的表达谱分析. 岳晓凤,阙亚伟,王政逸. 2016

[14]利用RNA-Seq技术鉴定拟南芥不定芽再生相关的转录因子. 王兴春,陈钊,樊娟,何苗苗,韩渊怀,杨致荣. 2015

[15]基于RNA-seq技术开发中间偃麦草基因组特异分子标记. 崔雨,鲍印广,王洪刚,李兴锋. 2016

[16]芸薹根肿菌侵染早期甘蓝型油菜转录组分析. 罗延青,王云月,俎峰,符明联,赵凯琴,张云云,王敬乔,田正书,陈苇,李劲峰,原小燕,李根泽. 2019

[17]基于RNA-seq技术的甘蓝型油菜新转录本的鉴定. 徐文,安素妨,王艳,贾琳琳,鲁丹丹,张莹莹,刘建丰,李保全. 2018

[18]基于RNA-Seq技术挖掘绵羊背最长肌肉质性状相关基因. 王位,付绍印,何小龙,王艳欣,王月星,王标,刘斌,刘永斌,张文广. 2018

[19]河流型水牛TGF-β基因家族鉴定及其胚胎发育早期的表达分析. 庞春英,梁莎莎,马小娅,陆杏蓉,段安琴,邓廷贤,黄韵琪,梁贤威. 2020

[20]本生烟响应蛋白激发子PevD1的差异表达基因鉴定与分析. 梁颖博,李泽,邱德文,曾洪梅,李广悦,杨秀芬. 2019

作者其他论文 更多>>

微信小程序