普通羊肚菌密码子偏好性分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 吕贝贝

作者： 吕贝贝;吴潇;蒋玮;于海龙;金剑锋;陈雷;谭琦;唐雪明

作者机构：

关键词： 普通羊肚菌;编码序列;密码子偏好性;优越密码子

期刊名称： 食用菌学报

ISSN： 1005-9873

年卷期： 2016 年 23 卷 01 期

页码： 13-17

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 采用CodonW1.4.2软件和CUSP程序,以普通羊肚菌(Morchella conica)全基因组蛋白质编码序列(coding sequence,CDS)为对象,解析了该菌的有效密码子数(effective number of codon,ENC)、密码子3个位点的GC含量、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)和高表达优越密码子。结果表明:普通羊肚菌全基因组密码子第2位密码子的GC含量明显低于第1位和第3位,第3位密码子与第1位含量差异不大,分别为57.8%和56.8%,RSCU值大于等于1的密码子总共35个,其中以G或C结尾的25个,占71.4%,确定了25个高表达优越密码子。

分类号： S646.7

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