葫芦科作物抗氧化基因的全基因组鉴定及分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 钱玉磊

作者： 钱玉磊;闫晋强;刘文睿;吴智明;谢大森;江彪

作者机构：

关键词： 葫芦科;OXR基因;保守结构域;顺式作用元件;生物信息学;表达谱;亲缘关系

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2023 年 008 期

页码： 51-61

收录情况： 北大核心

摘要： 抗氧化（oxidation resistance, OXR）基因是含有TLDc结构域的一类基因，能有效清除活性氧，在抗氧化过程中发挥着重要作用。基于葫芦科基因组数据库，从6个葫芦科作物中共鉴定出37个OXR成员，其中冬瓜、西瓜、甜瓜、葫芦和黄瓜均有6个成员，南瓜有7个成员。通过系统发育以及保守结构域分析，将这些OXR成员分为5个亚族：OXR1、OXR2、OXR3、OXR4和OXR5。OXR基因在染色体上呈不均匀分布，同一亚族OXR成员所编码的氨基酸数、分子量、外显子数、内含子数以及保守基序的排列模式都极为相似，表明OXR基因具有高度保守性。顺式作用元件分析结果显示，OXR基因的启动子区域含有多种顺式作用元件以及MYB转录因子的结合位点。基因复制分析发现，葫芦科OXR2成员通过片段复制或全基因组复制发生了一定扩张，这些复制基因对均受到纯化选择。共线性分析结果显示，在亲缘关系较近的葫芦科作物之间，OXR基因所在的共线性区块较大。不同组织的表达谱分析结果显示，葫芦科OXR4成员有相似的表达模式，在叶片中表达量均较高；OXR2亚族内复制基因出现了非对称表达的现象。

分类号： S642%S65

  • 相关文献

[1]油棕等植物γ-生育酚甲基转移酶的生物信息学分析. 石鹏,曹红星,李东霞,王永,雷新涛. 2015

[2]玉米SPP基因家族的全基因组鉴定及表达分析. 何冰,时丕彪,吕远大,陈国祥. 2019

[3]NDV感染的HeLa细胞的外泌体microRNA的表达谱及生物信息学分析. 周昌娈,丁铲,孟春春,孙英杰,仇旭升,廖瑛,刘炜炜,宋翠萍,谭磊. 2021

[4]小麦SBP基因家族生物信息学分析. 吕亮杰,陈希勇,胡梦芸,刘玉平,孙丽静,马乐,李辉. 2018

[5]小麦GASA基因家族生物信息学分析. 吕亮杰,陈希勇,张业伦,刘茜,王莉梅,马乐,李辉. 2018

[6]美仁牦牛PHB基因克隆及组织表达. 杨国武,王佟,马小勇,扎老,路建卫,赵雪,阎萍,梁春年. 2023

[7]苏钟猪脂蛋白脂肪酶的组织表达谱及其生物信息学分析. 付言峰,李碧侠,李兰,方晓敏,王学敏,任守文. 2012

[8]玫烟色棒束孢诱导的小菜蛾免疫响应表达谱分析. 雷妍圆,何余容,谢梅琼,吕利华,顾家睿. 2016

[9]南瓜NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析. 高丽华,周以飞,郑伟文,陈观水,宋亚娜,林捷. 2007

[10]玉米ClpR2同源基因PL5L15的克隆及其在不同光周期处理下的表达分析. 陈晓,孙朝辉,李思远,陈彦惠. 2008

[11]捻转血矛线虫Hc38基因部分功能域的原核表达与鉴定. 陈南颖,何延华,王新华,薄新文,张兴亚. 2012

[12]黑籽南瓜中NBS类抗病基因同源序列的克隆与表达分析. 丁玉梅,高婷,仲莎,姚春馨,周晓罡,杨正安,张兴国. 2018

[13]水稻(Oryzasativa L.)潜在内源性致敏原的生物信息学筛选与分析. 朱方超,贾瑞宗,徐林,郭运玲,孔华. 2015

[14]解脂耶氏酵母(Yarrowia lipolytica)ATCC30162脂肪酶基因Yllip1和Yllip2的结构及表达特征. 游灵杰,叶蕴瑶,王丹,戴妮杰,龚阳敏. 2019

[15]玉米1,3,4-三磷酸肌醇5/6激酶ITPK家族基因的鉴定和分析. 张中保,李向龙,吴忠义,魏建华. 2015

[16]双孢蘑菇Septin基因Ab.Cdc3的克隆与分析. 卢园萍,郭仲杰,蔡志欣,施肖堃,陈美元,廖剑华,王泽生. 2018

[17]黑斑原鮡（Glyptosternum maculatum）皮肤RNA-Seq数据中补体样组分分析. 张颖,马波,李宝海,尹家胜,储明星. 2022

[18]葫芦科作物果实糖积累及其调控研究进展. 王曼曼,屈淑平,李俊星,吴廷全,黄河勋,钟玉娟. 2019

[19]葫芦科植物离体雌核发育研究进展. 邹甜,孙波,王志伟,龚思,陈泽南,孙小武. 2017

[20]葫芦科作物主要病毒病防治研究进展. 古勤生. 2002

作者其他论文 更多>>

微信小程序