药食同源植物甘葛藤的全长转录组分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 梅瑜

作者： 梅瑜;李向荣;蔡时可;顾艳;王继华

作者机构：

关键词： 甘葛藤;药食同源;全长转录组;育种

期刊名称： 华北农学报

ISSN：

年卷期： 2021 年 005 期

页码： 10-17

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了深入了解甘葛藤转录组的整体水平及黄酮类生物合成通路基因。利用高通量测序PacBio Sequel平台,以甘葛藤根、茎、叶的混合样品为材料,使用单分子长读数测序技术（SMRT）对甘葛藤进行全长转录组测序及分析。平台共获得10 994 967个高质量reads和384 072条全长非嵌合序列（FLNC）,测序数据经质控后获得90 856个转录本;获得的所有转录本经NR、SwissProt、KOG、KEGG、GO数据库进行注释和功能分类,结果有85 239个单基因被注释,NR注释数量最多为84 675个,占93.2%;KEGG注释的基因最少,22 330个基因被注释到132条途径,代谢途径分布的基因较多（9 368,41.95%）。预测到3 507个转录因子,bHLH转录因子家族的基因最多。14 127个基因被分配到17个R基因类别,主要为RLP类。检测到33 660个SSR序列,多为AG/CT类型。分析黄酮类生物合成途径,发现与黄酮类合成相关的基因110个,其中,26个编码HCT,3个编码CHS,7个编码CHI。PacBio测序平台能获得更长的转录本,SMRT技术能够深入挖掘甘葛藤转录数据,比第二代测序技术能够获得更高的转录本注释率。在高通量全长转录组水平对甘葛藤进行了研究,为甘葛藤的分子生物学研究提供了较可靠、全面的转录组数据,为进一步开发甘葛藤的分子标记和挖掘优良基因提供了科学依据。

分类号： S567.19

  • 相关文献

[1]药食同源植物葛根的研究进展. 董彐倩,梅瑜,王继华,黄能旭,蔡时可. 2020

[2]姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计. 毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青. 2018

[3]姜荷花全长转录组微卫星特征分析和引物设计. 毛俐慧,刘建新,丁华侨,徐笑寒,田丹青. 2018

[4]水分胁迫下枣裂果的全长转录组分析. 魏薇,贾彦丽,吴硕,智福军. 2020

[5]薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及SSR预测. 李文燕,崔百元,刘勤坚. 2020

[6]油莎豆块茎转录组测序分析与油脂合成相关基因的挖掘. 焦兵阳,魏尊苗,弥震,才照玄,闫帆,刘雅婧,李景文,王庆钰,牟忠生,王英. 2024

[7]基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析. 夏丽飞,孙云南,宋维希,朱兴正,田易萍,蒋会兵,陈林波. 2020

[8]对萼猕猴桃CDPK基因家族鉴定及非生物胁迫应答分析. 张永杰,白丹凤,Muhammad Abid,李志,方金豹,钟云鹏. 2021

[9]基于单分子实时测序的油莎豆全长转录组分析. 邹智,赵永国,张丽,孔华,郭运玲,郭安平. 2021

[10]基于全长转录组的蚕豆WRKY基因家族分析及耐盐胁迫相关候选基因挖掘. 周恩强,周瑶,姚梦楠,王学军,赵娜,缪亚梅,王永强,薛冬,李波,汪凯华,顾春燕,魏利斌. 2024

[11]芋全长转录组测序分析及淀粉生物合成相关基因挖掘. 何芳练,刘莉莉,蒋慧萍,韦绍龙,邱祖杨,董伟清. 2022

[12]药食兼用植物黄蜀葵全长转录组测序及特性分析. 叶广英,王再花,刘海林,李杰. 2023

[13]保护品种云茶1号茶树全长转录组测序分析. 朱兴正,夏丽飞,陈林波,田易萍,宋维希,蒋会兵. 2018

[14]近红外光谱技术在药食同源品质评价中的应用进展. 李家磊,管立军,王崑仑,高扬,张志宏,严松,卢淑雯,谢学军. 2018

[15]药食同源作物荠菜三播多收高效栽培技术. 陈建军,邱晓峰,管冬梅,邱卫池,袁春新. 2019

[16]“药食同源”植物提取物添加剂在猪生产上的应用研究. 王建芬,陆作领,闫峻,李宁,李平,马墉,郑梓. 2018

[17]药食同源植物活性物质对尿酸代谢调控及作用机理研究进展. 宋向飞,雷雅坤,刘宁,胡景辉,孙丽敏,李树仁. 2021

[18]萝卜硫代葡萄糖苷的研究进展. 邱正明,黄燕,矫振彪,朱凤娟,严承欢. 2021

[19]药食同源林果业专利布局及发展态势分析. 肇楠,李敏,胡春芳,冯改静. 2021

[20]基于专利文献的药食同源学科发展态势分析. 胡春芳,肇楠,冯改静. 2020

作者其他论文 更多>>

微信小程序