基于三角梅转录组测序的SSR分子标记的开发

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵彤

作者： 赵彤;常圣鑫;冷青云;徐世松;尹俊梅;牛俊海

作者机构：

关键词： 三角梅(Bougainvillea);SSR;转录组;分子标记

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 013 期

页码： 4331-4341

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了明确三角梅转录组SSR总体特征、开发出适用于分子育种的SSR引物,本研究对三角梅'小叶紫'叶、苞片、花等组织进行了转录组测序,采用MISA分析'小叶紫'转录组SSR位点信息,利用Primer 3设计引物,并选择50对引物对6个不同种或杂交种三角梅进行可转移性与多样性分析.结果表明:在'小叶紫'转录组中,共检测出79 210个SSR位点,分布于60 318条Unigene中,出现频率为44.91%.优势重复基序为单核苷酸、双核苷酸,分别占总SSR位点的76.37%和13.26%.A/T和AG/CT分别是单核苷酸、双核苷酸的优势重复基元,占总SSR重复类型的71.66%和6.77%.挑选的50对引物中,有42对引物可以扩增到清晰稳定的目标条带,有效扩增率为84.00%,不同品种间的平均可转移率为85.86%;其中33对引物具有多态性,平均He和PIC分别为0.554 8和0.460 3.以上结果表明,基于三角梅转录组序列的SSR标记开发是可行有效的,开发的引物将有助于开展种质资源评价和遗传多样性分析.

分类号： S685.99

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