新型牡蛎相关圆环病毒基因组的鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 杨李玲

作者： 杨李玲;郭迎香;位红颖;王萌;方艺菲;朱鹏;姜敬哲

作者机构：

关键词： 圆环病毒;生物信息分析;香港牡蛎;复制酶;结构域

期刊名称： 南方水产科学

ISSN： 2095-0780

年卷期： 2022 年 18 卷 004 期

页码： 65-75

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 病原基因组信息的匮乏是牡蛎病害研究进展缓慢的主要原因之一.为鉴定更多牡蛎相关病毒,基于前期研究获得的华南沿海多地养殖的香港牡蛎(Crassostrea hongkongensis)病毒组测序数据进行质控、组装、物种注释后,挑选出其中疑似圆环病毒基因组序列进行进化树构建、基因组比较、蛋白结构域分析、三维结构预测和病毒丰度分析,在养殖牡蛎体内鉴定到了5个序列完整的新型牡蛎相关圆环病毒基因组,且5个病毒基因组在多个样品中存在.结果显示,5条病毒序列与已知的圆环病毒聚类在一个大的分支,说明其为圆环病毒科成员;5条病毒基因组序列均含有一个复制酶蛋白基因,且均与节肢动物圆环病毒复制酶蛋白序列最为相似;5条序列与另外7条公共数据库检索到的序列形成了一个独立的子分支,且该分支的序列来源多为动物相关样品.基于结构域分析软件(SMART)鉴定到多数序列中存在复制酶的保守结构域.

分类号： S917.4

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