猪产仔数的全基因组关联分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 付言峰

作者： 付言峰;赵为民;李辉;李碧侠;程金花;徐小波;任守文

作者机构：

关键词： 猪;全基因组关联分析;产仔数;SNP;芯片

期刊名称： 华北农学报

ISSN： 1000-7091

年卷期： 2022 年 004 期

页码： 232-238

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为筛选猪总产仔数和产活仔数性状关键SNP分子标记或候选基因，采用Illumina porcine 50K芯片对同一猪场186头加系大白猪能繁母猪开展了全基因组SNP扫描，后又对扫描结果进行了质量控制、Beagle填充和SNP基因型分型，结合这些试验猪的表型性状测定和群体结构分析结果，进行全基因组关联分析（GWAS）。群体结构分析结果表明，试验所用的加系大白猪样本未出现群体分层现象；在18对（36条）常染色体上一共得到36 867个有效SNP标记，用于试验猪的GWAS分析。GWAS结果表明，这些加系大白猪所有胎次总产仔数共显著关联到2个SNP,分别为seq-rs323899658和seq-rs329781338,其中seq-rs329781338 SNP又注释到3个基因，分别为SSBP1、WEE2和KIAA1147。产活仔数共显著关联到7个SNP,分别为seq-rs81238474、seq-rs321377412、seq-rs340736313、seq-rs80782154、seq-rs81244816、seq-rs81467772和seq-rs329781338,这7个SNP中有5个SNP有基因注释，共注释到22个基因，分别为EphA1、TAS2R60、FAM131B、CLCN1、CASP2、TMEM139、TRBV21OR9-2、PRSS2、TRBV19、TRBV24-1、U6、SSBP1、WEE2、KIAA1147、NKX2-8、ALKBH3、HSD17B12、U6、HOMER2、WHAMM、FSD2和SCARNA15。候选基因GO功能和KEGG通路分析结果表明，这些基因GO功能中最显著的生物学过程为多生物过程的调控、分子功能为非跨膜/跨膜蛋白酪氨酸激酶活性，KEGG通路为错配修复。结合GWAS和基因功能注释结果，WEE2和EphA1基因可作为提高加系大白猪总产仔数和产活仔数的关键候选基因。

分类号： S828

  • 相关文献

[1]猪DKK2基因的多态性与母猪产仔数性状的关联分析. 周佳伟,乔木,吴俊静,王孝忠,刘贵生,梅书棋,彭先文. 2020

[2]藏猪出生重的全基因组关联分析. 胡斌,蔡淑芳,孟繁明,辛海云,王塑天,李宝红,程蕾燕,李剑豪. 2021

[3]加系大白猪乳头数性状的全基因组关联分析. 周佳伟,张宇,吴俊静,乔木,徐忠,李梓芃,杨前平,彭先文,梅书棋. 2022

[4]高产优质弱筋小麦新品种云麦114的遗传构成及其重要性状遗传基础解析. 李家乐,李绍祥,邬陈芳,李宏生,苏奕心,杨忠慧,伍应天,尹健,韩德俊,曾庆东,丁明亮. 2025

[5]猪ZP4基因的SNP鉴定、选择压及其与产仔数的关联分析. 梁国明,陈锋剑,赵勤涛,刘辰晖,唐中林. 2017

[6]小麦根部耐盐性状全基因组关联分析. 时晓磊,严勇亮,石书兵,王继庆,谢磊,张金波,耿洪伟. 2021

[7]烟草青枯病抗性的全基因组关联分析. 何斌彬,耿锐梅,杨爱国,任民. 2020

[8]南方水稻黑条矮缩病苗期抗性的全基因组关联分析. 农保选,秦碧霞,夏秀忠,杨行海,张宗琼,曾宇,刘驰,蔡健和,谢慧婷,崔丽贤,罗群昌,邓国富,刘丕庆,李丹婷. 2019

[9]甘蓝型油菜RIL群体株高性状的全基因组关联分析. 黄静,程明星,唐敏强,张凤启,张园园,童超波,刘越英,程晓晖,董彩华. 2016

[10]特克赛尔羊*阿勒泰羊F2绵羊肉质嫩度全基因组关联分析. 赵义龙,黄金凤,贺三刚,刘明军. 2024

[11]辣椒果色全基因组关联分析. 张小微,陈小翠,陈仕泽,覃成,杨红,唐相群,邱化荣,罗希榕. 2023

[12]大豆四种游离氨基酸高含量优异种质鉴定及GWAS分析. 熊雅文,贾倩茹,周苗苗,张红梅,陈华涛. 2024

[13]甘蓝型油菜株高性状的全基因组关联分析. 唐敏强,程晓晖,童超波,刘越英,赵传纪,董彩华,于景印,马小艮,黄军艳,刘胜毅. 2015

[14]大豆籽粒皂苷含量的全基因组关联分析. 唐威,熊雅文,李岩哲,张红梅,张威,许文静,陈熙,陈华涛. 2023

[15]玉米叶片硝酸盐积累性状的全基因组关联分析. 邬奇,孙扬名,桑俊伟,周玲,赵涵. 2024

[16]PEG胁迫下春麦根部性状全基因组关联分析. 曲可佳,时晓磊,王兴州,耿洪伟,丁孙磊,张恒,严勇亮. 2023

[17]洛阳、吉林生态区谷子抗倒伏性的全基因组关联分析. 贾小平,张博,全建章,王永芳,董志平,袁玺垒,李剑峰. 2018

[18]西门塔尔牛饱和脂肪酸含量的低密度芯片基因组预测. 齐欣,张静静,樊惠中,李娟,胡鑫,刘飞,朱波,高雪,陈燕. 2016

[19]全基因组关联分析在作物中的研究进展. 任生林,吴才文,经艳芬,刘家勇. 2024

[20]基于全基因组关联分析挖掘大白猪乳头数性状关键候选基因. 徐忠,李钰洁,周佳伟,张宇,李梓芃,冯越,陈通,陈大可,孙华,乔木,吴俊静,彭先文,梅书棋. 2025

作者其他论文 更多>>

微信小程序