基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘浩然

作者： 刘浩然;张晨禹;龚洋;叶圆圆;陈杰丹;陈亮;刘丁丁;马春雷

作者机构：

关键词： 茶树;mSNP分子标记;靶向测序基因型检测;遗传多样性;全基因组重测序

期刊名称： 茶叶科学

ISSN： 1000-369X

年卷期： 2023 年 43 卷 001 期

页码： 27-39

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测.结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点.随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息.结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础.

分类号： S571.1%S326

  • 相关文献

[1]基于农艺性状和SNP分子标记的湖南78份茶树种质资源遗传多样性研究. 郭佳璐,璩馥榕,蔡天晨,赵洋,杨培迪,刘勇,周跃斌,刘振. 2025

[2]基于全基因组重测序数据评估信阳水牛保种效果. 魏稚彤,高攀,高腾云,祁兴磊,王二耀,张子敬,刘贤,梁栋,付彤. 2025

[3]基于全基因组重测序的拟鳄龟遗传多样性及遗传结构分析. 杨华琳,李伟,纪利芹,朱新平,洪孝友. 2024

[4]基于重测序数据分析太行山羊种公羊遗传多样性及群体结构. 姚书海,熊金珂,杨培福,朱硕,孙歆恬,尚明玉,鲍晶晶,黄举鹏,孙敬华,张莉. 2025

[5]基于全基因组重测序对武雪山羊的遗传进化分析. 任千姿,张佰忠,王真勍,王向林,龚颖,胡仁科,浦亚斌,苏鹏,李业芳,马月辉,李昊帮,蒋琳. 2025

[6]基于全基因组重测序的重庆市水稻稻曲菌遗传多样性分析. 黎青,何焕然,李诗雨,郭静微,唐贵婷,魏真真,宋正富. 2025

[7]基于残余杂合系的水稻显性矮秆基因的定位及KASP标记开发. 刘开强,崔中秋,李军玲,孙玥,苏京平,王胜军,高菊,张嘉楠,闫双勇. 2022

[8]28份贵州茶树种质资源的生化成分多样性分析. 陈正武,陈娟,龚雪,张小琴. 2015

[9]25份贵州镇宁野生茶树种质资源的表型及生化组分多样性分析. 曹雨,乔大河,赵华富,王家伦,陈娟,陈正武,何顺峰. 2018

[10]基于EST-SSR荧光标记和毛细管电泳检测技术分析邵武碎铜茶群体遗传多样性与亲缘关系研究. 杨军,孔祥瑞,王让剑,邱丽玲,郑国华,邱陈华. 2019

[11]19个茶树杂交新品系主要性状比较及其遗传多样性分析. 余文权,林郑和,陈常颂,钟秋生,游小妹,陈志辉,单睿阳,阮其春. 2021

[12]基于EST-SSR标记的云南大茶树遗传多样性分析. 周萌,李友勇,孙雪梅,王家金,谢瑾,成浩,汪云刚,刘本英. 2013

[13]基于表型性状的广西茶树种质资源遗传多样性分析. . 2019

[14]基于EST-SSR的广东与广西茶树资源遗传结构和遗传分化比较分析. 乔小燕,乔婷婷,周炎花,金基强,马春雷,姚明哲,陈亮. 2011

[15]云南特有茶树种质资源遗传多样性的RAPD研究. 段红星,邵宛芳,王平盛,许玫,庞瑞华,张亚萍,崔文锐. 2004

[16]基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究. 刘振,成杨,杨培迪,赵洋,宁静,杨阳. 2020

[17]瑞香、白鸡冠等18个杂交创新种质主要性状及遗传多样性分析. 钟秋生,杨军,林郑和,单睿阳,黄婷,陈常颂. 2024

[18]利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构. 吴晓梅,姚明哲,马春雷,王新超,陈亮. 2010

[19]15个茶树品种遗传多样性的RAPD分析. 陈亮,杨亚军,虞富莲,高其康,陈大明. 1998

[20]云南茶树地方品种农艺性状与品质性状遗传多样性分析. 蒋会兵,田易萍,陈林波,梁名志. 2013

作者其他论文 更多>>

微信小程序