基于全基因组重测序的白化茶树mSNP标记开发及验证

文献类型： 中文期刊

第一作者： 刘浩然

作者： 刘浩然;张晨禹;龚洋;叶圆圆;陈杰丹;陈亮;刘丁丁;马春雷

作者机构：

关键词： 茶树;mSNP分子标记;靶向测序基因型检测;遗传多样性;全基因组重测序

期刊名称： 茶叶科学

ISSN： 1000-369X

年卷期： 2023 年 43 卷 001 期

页码： 27-39

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探究白化茶树遗传变异信息及mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定中的可行性,利用全基因组重测序对18份白化茶树资源进行遗传多样性分析和突变位点检测.结果表明,基于全基因组水平的SNP标记可将18份白化茶树资源分为3类,且基本呈现出具有亲缘关系或地理位置接近的资源聚在一起的趋势;对重测序数据进行功能注释后发现,在18份白化茶树资源中存在17056个共有非同义突变基因,其中14个叶绿素合成相关基因中存在98个错义突变位点.随后,基于前期获得的基因组变异信息开发了一套包含59个mSNP、222个SNP位点的液相芯片,利用该液相芯片检测13份茶树资源的基因型信息.结果表明,同一品种两两之间的遗传相似度在92%~98%,不同品种间的遗传相似度则在84%以下,表明该芯片可对18份白化茶树资源进行准确鉴别,研究结果可为mSNP液相芯片在茶树种质资源鉴定、分子标记辅助育种等方面的应用奠定基础.

分类号： S571.1%S326

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