油棕SAUR基因家族的全基因组鉴定及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 周丽霞

作者： 周丽霞;杨蒙迪;曹红星;杨耀东

作者机构：

关键词： 油棕;SAUR;全基因组;生长素;生物信息分析;鉴定

期刊名称： 南方农业学报

ISSN： 2095-1191

年卷期： 2022 年 53 卷 004 期

页码： 1011-1020

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： [目的]挖掘并鉴定油棕生长素上调小RNA(SAUR)基因家族成员,并对其进行生物信息学分析,为油棕生长素信号转导机制的研究提供参考.[方法]根据拟南芥SAUR基因序列,在油棕全基因组数据库中同源序列搜索,并利用CDD和Pfam数据库进行SAUR蛋白结构域分析,剔除无保守结构域的序列,最后利用生物信息学软件对油棕SAUR基因家族成员进行可视化分析.[结果]从油棕全基因组中共鉴定出40个SAUR基因家族成员(EgSAUR1~EgSAUR40),有31个基因在油棕14条染色体上呈不均匀分布,其中4号染色体上分布的基因最多为7个;除EgSAUR14和EgSAUR24基因含有2个外显子外,其余38个基因均仅含1个外显子,无内含子.40个EgSAURs蛋白亚细胞定位于细胞核,其二级结构均由α-螺旋、β-转角、无规卷曲和延伸链组成,以无规卷曲和α-螺旋所占比例较高,其中有11个EgSAURs蛋白呈酸性,29个EgSAURs蛋白呈碱性.40个油棕SAUR蛋白被划分为四大类,其中第I(除EgSAUR27蛋白外)、II(除EgSAUR3和EgSAUR22外)、III、IV类蛋白均有Auxin_inducible保守结构域.40个EgSAURs蛋白共含10种保守基序(Motif),其中Motif 2存在于所有基因成员中.在花中特异表达的EgSAURs基因(EgSAUR4、EgSAUR9、EgSAUR10、EgSAUR24、EgSAUR29、EgSAUR30、EgSAUR32和EgSAUR33)数量最多,其次为根、茎和叶,在中果皮中特异表达的基因数最少.[结论]基因重复和组织表达特异性是油棕SAUR家族基因的两大特点,推测该家族基因对油棕花的生长发育及授粉受精过程发挥调控作用.

分类号： S565.9

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