基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释

文献类型： 中文期刊

第一作者： 张振超

作者： 张振超;姚悦梅;毛忠良;孙国胜;秦文斌;戴忠良

作者机构： 江苏丘陵地区镇江农业科学研究所;;江苏丘陵地区镇江农业科学研究所;;江苏丘陵地区镇江农业科学研究所;

关键词： 小孢子胚胎发育;差异表达基因;转录组;基因功能注释

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2018 年 05 期

页码： 848-855

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探明青花菜小孢子胚胎发育的分子生物学机制,本研究利用Illumina Hi Seq TM 2000平台对在32.5℃环境下分别培养17 h和24 h以及25℃环境下分别培养0、1和6 d的小孢子进行转录组分析及基因功能注释。结果表明,共获得174 324条Unigenes,其中有144 194条注释到GO、COG、KEGG、NR、Swissprot和Pfam数据库。GO注释显示,小孢子差异表达基因在细胞部分、细胞和细胞器、结合和催化活性、代谢过程、细胞过程和单一生物过程功能亚类中所占比较最高;功能分类中一般功能预测(R)、复制、重组与修复(L)、转录(K)、信号转导机制(T)和翻译后修饰、蛋白质周转、分子伴侣(O)在COG同源分类所占比例最高;KEGG注释结果表明,热击后小孢子差异基因最显著富集通路为内质网蛋白加工代谢途径、植物病原互作及植物激素信号转导剪接体途径。本试验结果为进一步深入研究青花菜小孢子胚胎发生的生理生化和分子机制奠定了理论基础。

分类号： S635.3

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