荔枝铝激活苹果酸转运蛋白基因家族的鉴定及表达分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 钱义容

作者： 钱义容;王弋;全振炫;郑雪文;李伟才;董晨

作者机构： 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所/农业农村部热带果树生物学重点实验室

关键词： 荔枝;ALMT基因家族;系统进化;生物信息学;表达分析

期刊名称： 广东农业科学

ISSN：

年卷期： 2023 年 009 期

页码： 79-88

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 【目的】挖掘参与荔枝生长发育的铝激活苹果酸转运蛋白（Al-activated malate transporter,ALMT）基因家族成员，探究其生物学功能。【方法】基于荔枝基因组数据库，借助META SEARCH工具和NCBI的CDD数据库鉴定荔枝ALMTs成员，利用生物信息学方法系统分析LcALMT基因家族成员的蛋白理化性质、亚细胞定位预测、系统发育、基因结构、保守基序、染色体定位、启动子顺式作用元件、蛋白结构和表达模式等，通过qPCR方法分析荔枝LcALMTs的表达情况。【结果】荔枝LcALMT基因家族有16个成员，CDS长度为118～803 bp，等电点在5.16～9.07之间。亚细胞定位预测显示，LcALMTs均定位于质膜上，根据系统进化树将该家族划分为5个亚族。荔枝LcALMTs外显子数目在3～10个，有4个LcALMTs基因均不含非编码区。染色体定位分析发现，LcALMTs只定位在荔枝15条染色体中的6条上，且主要定位在13号染色体上。保守基序分析发现，荔枝ALMT家族成员含有ALMT和ALMT superfamily两个结构域。顺式作用元件中，光响应元件占比最多，其次是激素响应元件。表达模式分析发现，荔枝LcALMTs在各个组织中的表达存在较大差异，其中LcALMT5和LcALMT15在各个组织中均有表达且表达量较高，qPCR结果表明LcALMT5的表达水平与转录组结果较为一致。【结论】16个荔枝ALMTs具有保守的基因结构和蛋白结构域，组织表达存在差异。

分类号： S667.1

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