梅、杏、桃EST同源序列特征分析及EST-SNP发掘

文献类型： 中文期刊

第一作者： 李晓颖

作者： 李晓颖;王玉柱;上官凌飞;宁宁;房经贵

作者机构：

关键词： 梅;杏;桃;表达序列标签;单核苷酸多态性;发生频率

期刊名称： 南京农业大学学报

ISSN： 1000-2030

年卷期： 2012 年 35 卷 04 期

页码： 51-57

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 通过生物信息学手段,下载GenBank数据库中已公布的梅、杏、桃3个物种EST序列各4 660、15 388、82 583条,利用CAP 3软件拼接后序列分别为4 456、5 595和24 243条。经比对发现,同源序列592条,同源序列的总长度为235 576 bp,平均长度和同源性分别为437.67 bp和97.50%;进行Blast比对后发现,所有同源序列中有340个具有相应的功能注释,183个为未知功能蛋白,其余69个为没有相应序列信息的新基因;在所有同源序列中共发现8 818个SNP,总频率为每SNP26.71 bp,并以转换和颠换为主。同时,对3个物种的同源序列进行两两比较发现,SNP数量明显少于这三者比较的结果。利用所有SNP对梅、杏、桃3个特种进行聚类分析,结果表明,梅、杏的亲缘关系较近,而两者与桃亲缘关系较远。

分类号： S662.4`S662.2`S662.1

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