基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素

文献类型： 中文期刊

第一作者： 任钰为

作者： 任钰为;陈星;林燕宁;黄潇仙;洪玲玲;王峰;孙瑞萍;张艳;刘海隆;郑心力;晁哲

作者机构：

关键词： 文昌鸡;全基因组重测序;遗传选择;产蛋性能;影响因素

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 002 期

页码： 502-514

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征，深入理解影响产蛋性能的因素，为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡（35周龄，15公，20母）和30只健康江汉鸡（35周龄，10公，20母）的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先，对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤，获得高质量序列比对到鸡的参考基因组，GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点，进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后，比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异，分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值，筛选受到选择的区域，并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明：1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率＞98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子＞基因间区＞上下游调控区＞编码区；系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远；文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能，而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述，影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌，这3个因素在进化过程中都受到强烈选择，对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理，不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征，而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。

分类号： S831

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