猪水疱病病毒外壳蛋白的二级结构和抗原表位预测

文献类型： 中文期刊

第一作者： 孙世琪

作者： 孙世琪;刘湘涛;郭慧琛;尹双辉;刘在新;马军武;谢庆阁

作者机构：

关键词： 猪水疱病病毒;外壳蛋白;二级结构;B细胞表位

期刊名称： 中国生物工程杂志

ISSN： 1671-8135

年卷期： 2006 年 26 卷 05 期

页码： 1-6

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 以SVDV外壳蛋白基因序列为基础,采用Chou-Fasman法、Garnier-Robson法和KarplusSchulz法预测蛋白质的二级结构。按KyteDoolittle方案、Emini方案和JamesonWolf方案预测SVDV外壳蛋白的B细胞表位。预测结果表明,SVDV外壳蛋白的二级结构较为复杂,含有较多的转角和无规则卷曲等柔性区域以及α螺旋和β折叠区段;SVDV外壳蛋白的VP1、VP2和VP3上均有多个区域为B细胞优势表位,其中VP1蛋白的B细胞表位优势区域比VP2和VP3蛋白的多,与已鉴定的B细胞表位相比较,该方法预测的结果有较高的准确度。为实验确定SVDV外壳蛋白的B细胞表位和反向疫苗学设计提供了理论基础。

分类号： S852.65

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